《方案》明确了州直城乡居民基本医疗保险制度整合基本原则。以建立统一的城乡居民医保制度为目标，整合城镇居民基本医疗保险和新型农村合作医疗制度，统一城乡居民医保管理体制，实现基本制度、政策标准、支付结算、信息系统、经办服务的有机融合，进而取得制度更加完善、保障更加公平、管理服务更加规范、医疗资源利用更加有效的改革效果，促进全民医保体系持续健康发展。
《方案》对制度整合提出了明确时间要求。2017年1月底前完成新农合和城镇居民医保基金的审计工作，2017年2月底前完成有关经办管理职能、机构、编制人员移交，2017年11月底前完成有关业务系统、信息数据、基金、档案资料、固定资产等移交，2018年起州直实施统一城乡居民基本医疗保险政策，实现城乡居民医保“统一覆盖范围、统一筹资政策、统一保障待遇、统一医保目录、统一定点管理、统一基金管理的“六统一”。
《方案》规定，在制度整合期间，各县市城镇居民医保和新农合暂时实行双规运行，双规运行时间至2017年12月31日，在双规运行过渡期间，原城镇居民医保和新农合的政策标准及经办流程保持不变，城乡居民参保缴费和报销待遇支付不受影响。
