会议确定了2016年深化医改重点：
一是将城市公立医院综合改革试点城市，由100个扩大到200个。开展县级公立医院综合改革示范。
二是在全国70%左右的地市开展分级诊疗试点，开展公立医院在职或退休主治以上医师到基层医疗机构执业或开设工作室试点。年底前使城市家庭医生签约服务覆盖率扩大到15%以上。力争全部三级医院、80%以上二级医院开展临床路径管理工作。
三是健全补偿机制，新增试点城市公立医院取消药品加成，严控不合理检查检验费用。年内实现大病保险全覆盖，让更多大病患者减轻负担。
四是全面推进公立医院药品集中采购，建立药品出厂价格信息可追溯机制，推行从生产到流通和从流通到医疗机构各开一次发票的“两票制”，使中间环节加价透明化。患者可自主选择在医院或零售药店购药。建立常态短缺药品储备制度，增加艾滋病等特殊药物免费供给，加强医疗和药品质量监管。
五是完善基层医疗机构绩效工资制度，鼓励试点城市制订公立医院绩效工资总量核定办法，建立与岗位职责和业绩相联系的分配激励机制，凸显医务人员技术劳务价值。
六是推进基本医保全国联网和异地就医结算。提高基本医保和基本公共卫生服务经费人均补助标准。新增规范化培训住院医师7万名，其中儿科医师5000名。统筹推进各级人口健康信息平台建设和互联互通。
