通知提出，2016年，各级财政对新农合的人均补助标准在2015年的基础上提高40元，达到420元，其中：中央财政对新增40元部分按照西部地区80%、中部地区60%的比例进行补助，对东部地区各省份分别按一定比例补助。农民个人缴费标准在2015年的基础上提高30元，全国平均达到150元左右。
巩固提高新农合保障水平，将政策范围内门诊和住院费用报销比例分别稳定在50%和75%左右。严格控制目录外费用占比，缩小政策报销比和实际报销比之间的差距。逐步扩大纳入新农合支付的日间手术范围，适当提高日间手术等门诊诊疗报销比例。支持推进医养结合和社会办医，将符合条件的养老机构内设医疗机构和社会办医疗机构按规定纳入新农合定点范围。
全面推开利用新农合基金开展大病保险工作，健全完善大病保险筹资、承办、管理和运行机制。加大对大病保险的支持力度，合理确定筹资水平，实施更加精准的大病保险政策。各地要通过降低困难人员大病保险起付线等措施，实现精准健康扶贫。有条件的地区还可探索采取提高大病保险报销比例等措施，加大对贫困人员的倾斜力度。加强基本医保、大病保险、医疗救助、疾病应急救助等制度的衔接，积极引导社会力量参与，发挥保障合力，切实减轻贫困大病患者的医疗支出负担。
加快推进按病种付费、按人头付费、按床日付费等复合型支付方式改革，扩大支付方式改革对定点医疗机构的覆盖面。从药品通用名称入手，探索制订新农合药品支付标准，协同推进药品价格改革，改善定点医疗机构和参合(保)患者用药行为。选择疾病负担重、社会影响大、治疗效果确切、诊疗路径清晰的儿童急性淋巴细胞白血病、儿童急性早幼粒细胞白血病、儿童先天性心脏房间隔缺损、儿童先天性心脏室间隔缺损、食管癌、胃癌、结肠癌、直肠癌、终末期肾病等重大疾病，实行按病种付费，结合临床路径管理，逐步扩大按病种付费对大病病种的覆盖面，充分发挥支付方式改革对医疗服务供需双方的引导作用和对医疗费用的控制作用。完善针对不同级别医疗机构的差异化支付政策，支持参合(保)居民与基层医疗机构家庭医生团队开展签约服务，推进分级诊疗制度建设。
