关于禹的接替舜为领袖，另有一种说法是认为鲧禹父子俩治水的方法相同，都用填的办法；治水之功也是父子并称的；鲧禹同列神位，三代并祀。在治水上，两人并无贤愚之别、功过之分。鲧怕以被杀，禹所以被推举为领袖，是由于政治上的原因。
唐虞之际，父系氏族社会已经发展到了晚期。在当时的历史阶段中，尧舜是保守势力的代表，鲧是新兴势力的代表。鲧的所作所为都在破坏着氏族社会古老的习俗和制度，尤其他以暴力威胁着“禅让”这一氏族议事会的民主制，试图取而代之，终致激怒了尧，由尧授权舜处死了鲧。
禹吸取了父亲被杀的惨痛教训，变得聪明而狡黠，他“执心谦冲，不自盈大”，毕恭毕敬，唯舜之命是从，终于赢得了舜的信任，舜便将职位禅让给了他。
禹担任领袖之后，仍是忠于职守，克勤克俭，埋头实干，他注意农时，致力于沟洫之利，他的政治势力也从黄河流域扩展到长江流域。禹居于阳翟（今河南省禹县）。
根据史书记载，当时已经有了军队、官吏、刑罚、监狱等公共权力，说明我国在这时已出现了早期的国家。传说为了纪念战胜水患，禹用当时天下九州出产的铜矿石铸了九个鼎，雕铸上奇兽异禽来代表九州，成为日后国家政权的象征。
禹到晚年，征询各部落首领的意见，挑选了皋陶作为他的继承人，不幸皋陶矢折，又由皋陶子伯益当选。禹担任领袖的第八年，曾召集各部落首领到苗山（今浙江省绍兴县内）集会。大家如期到会，还向禹呈献了各自的贡物。禹命令手下人将贡物计点清楚。由此，后人便将苗山改称为会稽山。这次集会，只有南方部落首领之一的防风氏部落（在今浙江省德清县）迟到。禹大怒，加上防风氏一贯自恃强悍，侵扰别人，就将他拿下，列数他的罪状后处死。
大会结束后，禹由于操劳过度而病倒，但仍带病处理事务。这一年8月，病死于会稽山。臣下依照他一贯节俭的作风，只用衣衿3领，薄棺3村，将他安葬在会稽山（今浙江省绍兴市的会稽山）。
