1943年8月，巴顿掌掴了手下两名士兵，此事引发了很大的争议。8月3日，他在尼科西亚的一个后送医院打了患有战斗疲劳二等兵查尔斯·H·库尔（Charles H.Kuhl）的耳光并加以辱骂。8月10日，巴顿又在另一个医院掌掴了二等兵保罗·G·伯奈特（Paul G.Bennett），情况与几天前的事件类似。巴顿命令两人立即回前线，巴顿严词谴责这种在他看来属于懦弱的行为，并向手下的指挥官下令对任何抱怨战斗疲劳的士兵加以管教。
有关这两起事件的言语传到了艾森豪威尔的耳中，他私下了谴责了巴顿并坚持要他道歉。巴顿分别向两名士兵以及见证过事件的医务人员道歉，还在之后向自己所有的部下发表几次相关的演说。起初，艾森豪威尔阻止了媒体报道这一事件，但到了11月，记者德鲁·皮尔森（Drew Pearson）将之通过自己的广播节目抖了出来。美国国内对巴顿提出了严厉的批评，其中包括国会议员、退役将军、巴顿的前上司——潘兴就是其中之一。公众对此事反应不一，最终战争部长亨利·刘易斯·史汀生表示巴顿必须留在指挥岗位上，因为“在这场激烈的战斗赢得最终的胜利前，”需要有他那“积极进取、胜券在握的领导风范”。
巴顿此后连续11个月都没有再指挥军队战斗。9月，无论在军衔还是经验上都不及巴顿的布拉德利获选指挥在英格兰成立的美国陆军第1集团军来对登陆欧洲北部的大君主作战进行准备。据艾森豪威尔所说，这一决定早在掌掴事件为公众所知数月前就已作出，但巴顿还是觉得自己是因为掌掴事件而不能担任指挥官。艾森豪威尔觉得进军欧洲事关重大，容不得丁点儿的马虎。他和马歇尔都知道巴顿是一位优秀和积极的集团军级作战指挥官，但布拉德利却拥有两个巴顿显然不具备，但对一位战区级别战略统领非常重要的特性：冷静、理性的风范和一丝不苟并保持一致的习性。掌掴事件只是进一步确认了艾森豪维尔对巴顿身为指挥官缺乏纪律和自控能力的印象。1944年1月26日，巴顿被正式任命为美国陆军第3集团军的指挥官，这是一支刚刚到达英国的野战军，其中大部分士兵没有实战经验。巴顿的任务是训练这支部队令其对即将到来的大君主作战做好准备，届时第3集团军将与其他盟军部队一起发动诺曼底战役，对纳粹德国发起总攻。1944年初巴顿都一直在执行这项任务。
德军高层敬重巴顿胜过其他任何一位盟军将领，并认为他将是任何从英国进军欧洲军事行动的核心。正因如此，盟军在1944年初设计的坚忍行动欺敌计划里把巴顿设为盟军入侵欧洲的关键人物。盟军让德国情报网大量收到假情报，使其误认为巴顿已经被任命为美国第1集团军的指挥官，并且正在对进军加来海峡省作准备。但第1集团军实际上根本不存在，而是在多佛尔附近地区使用道具和无线电信号等手段做诱饵来误导德军的侦查机，让轴心国领导人相信这一地区有大批部队集结。整个1944年初，巴顿遵照上级命令保持低调，使德国人以为他人一直在多佛尔，而他实际上正在英国训练第3集团军。坚忍行动的效果卓越，德国第15集团军一直在加来省等待着巴顿率军进攻，甚至在1944年6月6日盟军进攻诺曼底后还继续等着。一个月后，巴顿飞往法国回归作战指挥任务。美军攻克圣洛后，巴顿指挥美军第3集团军横扫布列塔尼半岛，随后又发明了坦克开路，机械化步兵和步兵在后面的类似闪电战的战法。该战法卓有成效。巴顿最后的功勋战役是突出部（阿登）战役，用几个军和101空降师成功击败了希特勒的反扑。至此，巴顿名扬天下。
