追查凶手
事后警方追查凶手为失业军人武士英、牵涉出包括拥有中华国民共进会的会长和江苏驻沪巡查长头衔的青帮大佬应桂馨、内务府秘书洪述祖（清代著名学者洪亮吉的曾孙）、内阁总理赵秉钧等人，武士英被捕之后，先供述受应桂馨指示，后又在法庭翻供称系个人所为，否认见过应桂馨而后来暴死上海狱中，各方猜测应属中毒，赵秉钧被迫辞去总理。1914年1月，应桂馨出狱后北上向袁世凯索酬，被人追杀，在逃往天津的火车上被刺。时在天津的赵秉钧曾为之抱怨，不久在家中突然死亡。以致于案情更为扑朔迷离。洪述祖后被抓获，被判处绞刑。
涉嫌凶手
有毒的子弹结束了宋教仁年轻的生命，但是从没有结束“是谁杀了宋教仁”的疑问。
百年来，以上诸位“第一反应者”都被放在显微镜下一一过目。曾经板板钉钉“证据确凿”的嫌疑者最后似乎也不那么“证据确凿”，曾经慷慨激昂的同志却在怀疑者的笔下显得“疑点重重”：
袁世凯杀宋说
袁害怕宋教仁以合法手段取得权利，后见收买不成，便布置歹徒，对宋教仁下了毒手。
《宋教仁被刺案内应夔丞家搜获函电文件》中收录了，案发前后，应桂馨和袁世凯，洪述祖来往的电报。电报内容已经赤裸裸说明袁世凯杀宋教仁的意图。
另，《张浦泉先生回忆录、日记》说：宋遁初被难后，洪自南来，又见总统一次。总统问及遁初究系何人加害。洪曰：“这还是我们的人，替总统出力者。”袁有不豫色。洪见袁颜色不对，出总统府，即到内务部告假，赴天津养病。
以当时国民党在国会的得票率，还不能肯定宋教仁一定能够组阁，也就不存在谁怕谁、非要杀谁的问题。
从这张图上，我们可以看到国民党虽为参众两院第一大党。但是都没过半。而支持袁世凯的进步党，以及“其它党派”组成的“拥袁”派却过了半数。
这里特别要说明的是“其它党派”的性质。其成员大多由袁大总统直接点派的“蒙藏等地议员”组成。
何况当时跨党人士比比皆是。引退后的伍廷芳，就被先后拉入11个党。国民党议员的组成也是“什么人都有”。到关键时刻伍廷芳式的议员会投哪个党的票？
