陈其美杀宋说
辛亥前，同盟会发生过两次倒孙风潮，在这两次倒孙风潮中，宋都没有站在孙一方。由此，陈其美等铁杆拥孙派对宋颇为怀恨。南京临时政府成立后，宋与孙处处相反。孙主北伐，宋主南北议和，推袁作总统。孙主定都南京，宋和章太炎都主张定都北京。
俩人政见也大相径庭：孙主张实行美式总统制，宋主法式责任内阁。孙坚持要做大权独揽的大总统，不愿受人制约，理由是内阁制“断非此非常时代所宜，因为在此非常时代，吾人不能对唯一置信推举之人，而复设防制之法度，而误革命大计”。双方争到面红耳赤，不欢而散。
于是，作为国民党内的激进派，陈其美利用孙中山出国之机，在孙中山不知道的情况下，贸然杀宋，以造成既成事实，进而达到一箭双雕的作用：近可以让自己更上一层楼，顺理成章地接孙的班，远可以激发党人国人，发起反袁“二次革命”。
时袁世凯为稳定政局，正在全国“打黑”，应桂馨出面发起的共进会，也是带有黑帮性质的组织。负责打黑的洪述祖南下之后，应桂馨同他达成交易，愿受政府招安，并自告奋勇承担“毁宋”任务。洪述祖护主心切，“假托政府名义”向应桂馨下达指令，以致回京后秘密函电往来。但应桂馨脚踩两只船，一面跟洪述祖联络，一面向同门大哥陈其美透露了“毁宋”计划，陈其美巧妙利用国务院秘书洪述祖的“毁宋”计划，安排应桂馨和一班党人成功地实施了“杀宋”计划。
当时上海是陈其美势力的大本营，宋案从刺杀到审判都发生此处。和以往刺杀案悬而未破相反的是，刺宋案的破获却是出乎意料的顺利，几乎要用难以置信来形容。
而凶手武士英在监狱的神秘死亡，似乎也与陈其美有关。当时看守武士英的沪军六十一团，是国民党人黄郛的部队。而陈其美、黄郛和蒋介石是拜把子兄弟。
这一切不禁使人开始怀疑上了陈其美。
1913年3月27日，梁启超在写给女儿梁思顺（令娴）的家信中：“宋氏之亡，促吾加慎，……刺宋之人（真主使者陈其美也），胪列多人，我即其第二候补者，今将彼宣告文剪寄，应某谋北来刺我，二十日前蜕丈已电告矣。”
反方：陈其美和宋教仁交情深厚，又同为一个战壕里的同志，而且宋被刺时，陈就在身边，事后表现也可圈可点。在宋案中，虽然陈其美疑点重重，但并没有直接证据证明陈其美就是杀宋的幕后黑手。那些宋陈恩怨都是捕风捉影。
宋案已发生了百年，这样的争吵在私底下就从来没有停过。
因为宋案当年没有真正经过司法程序开庭审理，二次革命就爆发了，所以从法律的角度讲，没有直接证据能够证明谁是刺杀宋教仁的幕后黑手。
这一百年来，人们情愿花大量的时间在“谁杀了……”上，谁也不愿意花时间想想，宋的事业为什么随着这个31岁年轻人的肉体消失，再也不能于“我国”引起哪怕一点点的涟漪？
