第二次发生在顺治五年（1648）。
当年二月，征讨张献忠大西军的豪格大军凯旋回京。参领希尔良因冒功邀赏一事遭到处罚，鳌拜也以勘察不实而被议处“应革职，罚银一百两”。
三月，贝子屯齐告发郑亲王济尔哈朗当年拥立肃亲王豪格、后又包庇豪格的种种罪状。鳌拜诸人谋立肃亲王之事也被同时告发。
多尔衮借此事兴起大狱，严讯诸人。最后，鳌拜以欲立豪格、与诸人盟誓等罪名论死，得旨“罚锾（huán）自赎”。四月，侍卫廓步梭又告发鳌拜在皇太极死时“擅发兵丁守门”，再次论死，改革职为民，得旨免革职。鳌拜虽以大功凯旋，在短短数月间却被论死两次，可见其所受打击之严酷、境遇之窘迫。
鳌拜所受的第三次打击是在顺治七年（1650）。这年七月，多尔衮生病，暗示贝子锡翰，想请顺治帝亲临探视自己，锡翰遂秉承其意“请驾临幸”，多尔衮却又以“违令渎请”罪之，并追究鳌拜包庇之罪，论死，后改免死罚赎、降爵。是年十一月，多尔衮死，顺治亲政。
其实那时候，鳌拜如果谋求个人利益，完全可以投靠多尔衮，但是，他始终没有。他是清初的一名悍将，又能衷心事主。
当然，从这也能解释他为什么到了康熙当政的时候那么气势凌人了。鳌拜心里想，你小子今天能当皇上，还不是老子当年力保你老爹？要不你早不知道去哪了……
顺治亲政时期
所以在顺治亲政后，曾经盟誓“一心为主，生死与共”的鳌拜、索尼等人深受顺治重用和敬重，顺治视他们为自己的心腹。
之后，鳌拜一直随侍在顺治身边，直接参与着国家各类事务的处理，如商讨本章批复程序、联络蒙古科尔沁部、协和太后与皇帝之间的关系、祭奠过世王公妃嫔、协助会审案狱，并倡议“大阅以讲武”，亲自教武进士骑射等。
顺治十三年（1656），鳌拜旧伤复发，卧床不起，顺治亲自去鳌拜府邸慰问。
顺治十四年（1657）冬，孝庄文皇后（即皇太极妻博尔济吉特氏）病重，顺治日夜侍候在左右。鳌拜也昼夜于宫中伺候，顾不上自己休息吃饭。
顺治对鳌拜大加赞赏。所以在顺治患天花时，会指定鳌拜为四大辅政大臣之一，帮助自己的幼子康熙，也是符合情理的！
皇太极死后，鳌拜为年幼的清顺治帝即位发挥了重大作用，获得顺治帝信任，又以护卫太后有功而位至极品。康熙即位后，受顺治遗命，任其为四辅政大臣之一。
鳌拜——欺主乱政，囚死狱中
鳌拜居功自傲，逐渐变得骄横起来，不把年幼的康熙皇帝看在眼里。他擅杀大臣，私欲膨胀，结党营私，随时准备把持朝政，引起了康熙和孝庄皇太后的警惕。首辅大臣索尼死后，鳌拜一心想占据此位，便逼迫康熙杀了政敌苏克萨哈一家大小，以首辅自居，更加放纵。他还常常在康熙面前斥责大臣，拦截奏章，权势已威胁到康熙的统治。亲政以后的康熙忍无可忍，于1669年五月十六日设计逮捕了鳌拜。胸怀宽广的康熙没有杀他，也没有牵连更多的人，只是把他囚禁起来。不久，鳌拜死于狱中。
