条件虽然艰苦，潘琰却从没有忘记自己报考西南联大的使命。她一面严守纪律，不暴露身份，暗中寻找地下党，一面帮助学生组织“民主青年同盟”等进步社团开展活动。她经常利用举办时事报告会、诗歌朗诵会以及其他文艺晚会的时机，向同学们宣传马克思主义。她还组织同学们揭露国民党假抗日阴谋。
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除了在校内发展进步青年，潘琰还在校外悄悄开办民众学校，给贫苦失学青年介绍国家情况和社会主义美好前景，号召他们起来战斗。此时，地下党的同志也注意到了这个积极向上的女学生，暗中派人与她接触。
烈士传奇第3季·牺牲
带头反内战遭特务杀害
牺牲前只留下四字战斗遗言
[旁白]1945年8月，抗战胜利的消息传来，学校的师生沉浸在一片喜悦之中，潘琰却对形势的发展感到担忧。果然不到两个月，蒋介石开始清算、暗杀支持统一战线的官员和进步人士……
潘琰的同班同学古兆珍在晚年回忆说：“抗战胜利了，许多同学觉得不用斗争了，以后只要安心读书就行了，但潘琰却说，八年抗战，真苦啊，我也想回家看看母亲，但是国家的问题并没有解决，国民党、蒋介石不会给我们民主，我们还要战斗，更激烈的战斗。”
为了反抗国民党政府白色恐怖统治，揭露其内战阴谋，1945年11月25日，西南联大、云南大学、中法大学等高校的6000余名学生在西南联大草坪集会，潘琰带领同学们高呼口号“反对内战、建设国家”等口号，再次成为了国民党特务机关的眼中钉、肉中刺。他们派遣军队镇压学生运动，最后被激愤的学生击溃。
