后来，方孝孺受仇家陷构，被牵连到一场官司里，一并拘押到了京城。朱元璋在案卷里看到了方孝孺的名字，叫人马上放了他。
不过，对于方孝孺而言，身怀匡世之才而无用武之地，实在是件憾事。此后十年，他隐居在家，一心著书立说，过着清苦的生活。著有《周易考次》、《宋史要言》、《文统》等多部作品，还写了大量的诗歌。直到洪武二十五年(1392)，经人再次推荐，朱元璋才让他担任汉中府学教授，成了个刚刚入流的九品学官。
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蜀献王朱椿是朱元璋的第十一子，他早就听说过方孝孺的人品和学识，就礼聘他兼任蜀王世子的老师，非常敬重他，把方孝孺的读书之庐命名为“正学”，方孝孺因而被后人称为“正学先生”。
削藩的后果
洪武三十一年(1398)朱元璋去世时，儿子早死，皇太孙朱允继承了皇位，是为建文帝。建文帝崇尚儒家仁政之说，有意结束其祖父尚武的政风，确定新年号为“建文”，与祖父的“洪武”年号刚好形成鲜明的对照。
他迫不及待地要把他祖父为他储备的“干部”投入使用。“秋七月，召汉中府教授方孝孺为翰林院侍讲”，方孝孺终于从那个摆满了儒学经典的“正学”书斋，走到了明朝政治的前台。次年，又升任为侍讲学士，成了建文帝的近臣。
据《明通鉴》记载，建文帝读书每有疑问，便立即召方孝孺讲解;临朝议事，也常常叫方孝孺批答;纂修《太祖实录》等史籍，也任命方孝孺为总裁;当时朝廷的诏书、檄文，大都出自方孝孺之手。建文帝对方孝孺非常倚重，君臣关系十分融洽。
此时，建文帝把朝中的大权交给了两个书呆子：兵部尚书齐泰和太常寺卿黄子澄。他们急于求成，在建文元年(1399)新皇权还没有得到充分巩固之前，就开始走了一步在整个明朝历史上最为险恶的棋——削藩。
朱元璋在位期间，为御侮防患，曾两次分封诸子为藩王。藩王各拥重兵，坐镇一方。明朝初年，藩王们为强化朱氏王朝的绝对统治起到了积极的作用。但随着洪武时代的结束，这种拥兵自重、割据一方的弊端也就暴露无遗了。
