1988年4月，什叶派穆斯林阿迈勒运动民兵与真主党民兵在贝鲁特南郊爆发大规模武装冲突。交战初期，阿迈勒武装控制了大部分什叶派居民区，真主党民兵遭严重挫折。但真主党民兵在伊朗革命卫队支援下，重新集聚力量发动反攻，夺回贝鲁特南郊80%的地区，双方死伤千余人。
1989年3月14日，黎基督教强硬派人物、黎政府军原总司令奥恩发动“解放战争”，旨在将叙利亚军队赶出黎巴嫩。导致了以奥恩政府军及基督教民兵为一方，叙驻黎部队及穆斯林民兵为另一方的大规模炮战，造成5,000多人伤亡、数十万人逃离及 10多亿美元的经济损失。为结束内战，在阿盟主持下，黎各教派首领1989年9月在沙特开会，通过全国和解的《塔伊夫协定》，但奥恩拒不承认黎新政府和当选总统。
黎巴嫩战争期间的叙利亚军人
1990年10月13日，黎政府军在叙军坦克、飞机支援下攻入贝鲁特东区，奥恩战败出走，残部投降。黎政府开始在全境行使权力，着手实行将所有派别武装撤出首都的“大贝鲁特”计划。至次年5月，除部分真主党武装外，黎各主要派别武装均撤出贝鲁特，交出武器宣布解散。长达15年，造成14万人死亡和数百亿美元经济损失的黎巴嫩内战基本结束。
