--民兵包围了位于夏蒂拉难民营南侧的阿卡医院。4位穿着白大褂的医生为了使医院免遭灾难，受院长的托付，举着白布，走向民兵，打算同他们进行谈判。然而，迎接医生的是一枚手榴弹，3位医生当场丧身，1位身受重伤的医生跌跌冲冲地回到医院。转眼间，民兵冲进医院，接着发生的是毒打、烧杀和奸淫。时近深夜，这群民兵也疲劳了，他们一边吃着夜宵，一边欣赏着受害者临死前痛苦的呻吟。
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屠杀进行了一夜，一些幸存者回忆道：“16日那一夜，这里简直是一座地狱，天空始终没有黑下来，枪声始终没有停过，人们一直在尖叫。”当时，有许多巴勒斯坦人跑出难民营，哭喊着向以色列士兵求救。但是，这些士兵不但不予理会，反而又将他们驱赶回难民营。事后，一位以色列士兵也承认：“屠杀就发生在我们的眼皮底下。”而另有一个以军士兵后来在遭到人们指责时，还声辩道：“我们以色列人没干那种事情，那是基督教民兵干的。”
17日，天亮了，大规模的屠杀告一段落。难民营里的断垣残壁上到处是死尸，其中很多尸体是支离破碎的，其惨状连民兵们都感到恶心和胆寒。坐镇国际机场指挥屠杀的霍贝卡得知后，立即发出指令：“马上把现场清理干净，不得留下任何痕迹。”
不一会，几辆挖掘机和推土机开进了难民营。尽管瓦砾中还不时传出呼救声，但推土机依然是野蛮地从上面碾压过去。挖掘机挖出了一个个几米深的大坑，卡车将死尸抛人坑中，最后由推土机推土填平大坑。直到18日上午10时30分，一队以色列士兵进入难民营，长枪党民兵才整队集合，谈笑着离开了难民营。
事后，人们在难民营发现了2300多具肢体不全的巴勒斯坦男人、妇女和儿童尸体。另外，还有21名伊朗人、7名叙利亚人、3名巴基斯坦人和2名阿尔及利亚人遇害，他们都是巴解组织的支持者。
全球震惊
民兵撤离后，以军进入难民营。一位以军军官站在装甲车上，用扩音器反复喊话：“大家不要上街!我们正在搜捕恐怖分子，不然，我们会开枪的。”尾随以军的是一批来自世界各地的新闻记者，两个难民营里触目惊心的惨景令他们瞠目结舌，接着的是整个世界为之震惊。
美国记者1?菲克斯是第一批进入夏蒂拉难民营的，他的报道和感慨让世人震撼。他写道：“到处都是尸体，道路上、胡同里、庭院里、破屋里、瓦砾下、垃圾堆上。…在有的地方，地上的血迹尚未干。当我们数到100具尸体时，我们就不再继续数了。……每一条小巷里都是尸体，男男女女，老老少少，或是刀下丧生，或是饮弹而亡，横七竖八，惨不忍睹。……在(一堵)矮墙下，一排青年男子和男孩倒在血泊中。他们面壁而立，背部中弹，倒在墙根下，那情景甚是悲凉和恐怖。这堵行刑墙和墙前成堆的尸体，使人似曾相识，后来我们才想起，这同第二次世界大战新闻图片所显示的那种杀人照片是何等相似。”
在他的报道中，无不显示出对死难者的同情和悲悯。他记述了这样一个场景：“地上躺着一个年轻的姑娘。她仰面朝天，似乎是在晒太阳，鲜血从背上流下，浸湿了衣衫。她双脚并在一起，两手摊开，像是在生命的最后一刻见到了自己的救星。她的表情很平静，两眼微闭，那样子几乎像是圣母。唯有她胸口的一个小枪眼和庭院里的血迹表明她已经死了。”
在随后的日子里，来自世界各地的声讨此起彼伏，而以色列政府只是被动地辩解道：我们以为长枪党民兵仅是搜捕巴解游击队员，而没有想到他们会如此不问青红皂白。9月24日，联合国举行第七次特别紧急会议。会议的议题就是“谴责以色列屠杀贝鲁特平民的罪行”。会议听取了有关报告后，一致要求联合国安理会对贝鲁特大屠杀事件进行调查。
