朱棣入京后，立即揭榜(悬赏捉拿)黄子澄、齐秦、方孝孺、铁铉等建文帝臣子数十人，并清宫三日，诛杀宫人、女官以及内官无数，只留下一帮曾向他通过风报过信的没老二太监。他又迁建文帝母亲于懿文陵幽禁，杀掉建文帝三个兄弟。建文帝七岁太子朱文奎于乱中“不知所终”，肯定是被朱棣杀掉。另外的小儿子朱文圭当时才两岁，还在怀抱之中，朱棣先把这个小孩幽闭于广安宫，后来不知所终，想必也是被朱棣派人弄死以绝后患。也有记载说朱文圭一直幽禁在凤阳，至明英宗时才放出，已经五十七岁，尚不能分辨马牛，完全被禁锢成一个痴呆。
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朱棣派人扑灭皇宫大火后，首先做的就是召文学博士方孝孺来起草自己的继位诏书。朱棣的谋士姚广孝曾在北平时对他讲，方孝孺是天下“读书种子”，绝不可杀。
方孝孺乃建文帝耿耿忠臣，身穿衰白衣大哭于阙下。朱棣召其入殿，方孝孺也不施礼，依旧嚎哭不已。
朱棣劝说方孝孺：“我是效法周公辅佐成王啊。”
方孝孺止住哭声，厉声反问：“成王安在?”
“他自焚而死!”朱棣答道。
方孝孺又问：“何不立成王之子?”
朱棣回答：“国赖长君。”(意指他自己)
方孝孺咄咄逼人，“何不立成王之弟?”(意思是建文帝几个弟弟都已成年)，朱棣不得已，亲自下殿走到方孝孺面前，苦笑着说：“这些都是朕的家事啊，先生你不要为这些事费神。”
左右递过纸笔，朱棣说：“诏天下，非先生不可。”
方孝孺夺过诏纸，在上乱批数字，掷笔于地，边哭边骂道：“死即死耳，诏不可草!”
朱棣怒急，大声叫道：“怎能让你痛快一死，即死，难道你不怕我诛你九族吗?”
