根据实地探摸，美军的两枚鱼雷击中的地方在船体的后半段，爆炸点的创口显而易见。依照常理，“阿波丸”应该在此处断裂;然而事实上，“阿波丸”是在船首处断开的，而且整整齐齐地断为两截，令人费解。举例来说，一座桥梁，炸弹只有放置在桥体受力最集中的部位，此处爆炸才能引得整体断裂。“阿波丸”的情形正是如此。这样看来，“阿波丸”一定是在船首处受到爆炸力，而事实表明，鱼类并没有击中船首。那么，只能大胆推测，在“阿波丸”上，事先就放置了炸弹，而且炸弹的位置是经过高级技术人员精心测算确定的。
“阿波丸”号在试图隐藏什么秘密?以至于破釜沉舟?
对于这个问题的答案，“阿波丸”号的死难者家属同样探求了半个多世纪。1949年4月7日，在日本的众议院会议上，执政的自民党议员，竟然提出了《关于日本放弃要求对阿波丸事件赔偿的决议案》，更令人不可思议的是，议案马上就获得了通过。
不惜2008条生命的代价，日本，在试图掩盖些什么?
从事件发生至今，对于“阿波丸”号往返航程中装载的货物清单、乘务员和乘客名单，日本政府从未提供过任何信息。为此，调查人员曾经走访过日本几个相关政府部门，但所得到的答复都是：这是绝密文件，谁也不能查看。种种做法让人不得不怀疑，“阿波丸”号在运送救援物资的归途中，确实装了不可公开的东西。
只可惜，在中国方面进行的“77?13”号工程，由于当时的技术条件和潜水员的体能所限，于1980年停止。在打捞上来的物品中，没有发现与北京人头盖骨相关的任何线索。不过，据打捞组的成员表示，捞上来的，应该只是沉船物品中的一小部分。
至此，我们可以归纳一下北京人头盖骨失踪前后可能的全部路线图。头盖骨最初从协和医学院B楼魏敦瑞办公室的保险柜中被取出，被装在两个木箱中，送到协和医学院博文办公室，随后被暂存在协和医学院F楼4号保管室，然后被送往美海军陆战队专列离开北京。随后这里的路线就有了分叉，在美国军医弗利一方的线索有三个可能的去向：瑞士人在天津开的仓库，法租界上的巴斯德研究所，或者是弗利的中国朋友处。在另一个分叉上，都和日本人有关，第一个是装有头盖骨的箱子上了日本驳船，之后沉没，第二个是上了日军“阿波丸”号，也随着沉没，还有另一种可能，就是头盖骨现在还藏在日本某处。随着时间的推移，更多的可能性被否定，然而，人们也期待着更多新的可能。
幸运的是，当年胡承志制作的北京人头盖骨模型在战争年代被辗转寄往美国，根据这些逼真的模型，有关北京猿人的研究得以继续，并留下了珍贵的资料，让今天的人们得以了解原始祖先的面貌模样。
为了揭开我们最古老的祖先的生活景象，一代又一代的人类学家们在不懈地努力，而那些能够为我们破译更多人类密码的北京人遗骨，仍然在茫茫世间等待我们的追寻。
