比如马寅初。他作为北大校长，享受着政治光环，却是没有任何实际权力的光杆司令。无论在行政上还是教学上，党委书记江隆基皆一手包办，上上下下都绕过校长这一关，最后搞成“党委忙得要死，有些负责同志忙得身体垮了，非党行政负责人却闲得难受”。史学泰斗陈垣亦然，作为北京师范大学校长，对教务、人事都无权经手。因为无法获知学校的具体情况，导致即使偶尔有人请示，他也提不出意见，成了真正的“牌位”。北大化学系主任傅鹰，甚至其名下研究生的研究题目都是由系党组织确定，对导师保密，学生完成论文后直接请导师签字。周培源作为北大教务长和教研室主任，教研室提拔了副主任，他却毫不知情。由于“一竿子插到底”的党委领导体制，这些党外知识分子是可有可无的角色，完全被排除在外且不受信任，处于边缘地位。
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政治边缘化的同时是学术的边缘化。马寅初是旧中国经济学的权威，中央研究院院士，在1949年后却被组织上评价道：“马寅初过去是研究资产阶级经济学的，真才实学如何，目前北大尚摸不清。”后来经过一番摸底，党组织认为马寅初原来并不可怕，只是“站在资产阶级立场上知识少得可怜的人”。康生对文史学者游国恩、王瑶的评价是：“那些人没什么实学，都是搞版本的，实际不过是文字游戏。我把这种事当作是业务的消遣，疲劳后的休息，找几本书对一对，谁都可以干。”
对哲学史家冯友兰、张岱年的评价是：“冯友兰的哲学，说什么抽象的意义，实际上他的哲学并不是哲学，说好一点是语言学，只是玩语言上的诡辩。张岱年去年写荀子的哲学思想简直是胡说八道。”不只是文科，连早有客观标准的理工农医专家的学术也同样被否定。比如北京农业大学农学系党委对“小麦王”蔡旭的评价是：“除了错误的观点外，就没有什么技术。”北京石油学院的青年教师对资深教授唐有祺评价道：“你的资产阶级观点如果不改造，你的知识就等于一堆垃圾。”在政治领导学术，学术完全宗主苏联的前提下，1949年前的学术基本属于“资产阶级学术”，遭到彻底的否定。
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边缘化与反智主义
民国时期的知识分子虽然已经显露出边缘化的趋势，但是很多知识分子仍以“社会中心”自命。梁漱溟高唱“吾曹不出苍生何”，胡适呼吁“建立强有力的社会重心”，储安平强调“知识分子具有道德权威的力量”，在这些知识分子身上普遍有儒家士大夫理想主义的残存。从某种程度上讲，他们仍然掌握着舆论和道德的话语权。但经过旷日持久的思想改造运动，知识分子被彻底整治，完全成为俯首听命、动辄得咎、不知所措的一群人。用朱正的话讲，到1957年以后，现代意义上的知识分子更是在中国完全不复存在。这种空前绝后的转折性变化，主要是国家大政方针的改变，以及高层对知识分子群体的判断。
