澳葡当局大为紧张，急忙增加关闸兵力，在青洲山顶紧急挖掘工事，构筑炮台，又急电已驶往上海的军舰“毕地利亚”号火速南下。
为试探广东军政府的决心，6月13日，一队葡兵乘汽艇侵入湾仔，我军发出警告劝其退出，葡军置若罔闻，并开枪挑衅，严阵以待的我陆海军官兵奋起反击，将葡军赶下海去。6月15日，葡军又出动飞机越界侦察，我军猛烈开火，敌机仓皇逃遁。
正当澳葡当局风声鹤唳惶惶不安、广东军政府将以武力收回澳门时，事发不测1922年6月15日深夜，早有反意的广东军政府陆军部长陈炯明，在帝国主义和直系军阀的支持怂恿下，发动了武装叛乱，包围总统府，炮轰孙中山住所。孙中山化装脱离险境，在白鹅潭“永丰舰”上指挥战斗，与叛军鏖战五十余日后，北去上海组织讨逆军。陈炯明的叛变，使澳葡逃过了一劫，收回澳门的难逢良机丧失。
然而，澳门同胞的斗争并没有中止，内地各界的声援也在继续。10月底。北京政府在舆论的一再呼吁下，照会葡萄牙公使馆，就“五·二九”血案进行交涉，口气颇为强硬。
澳门同胞要求回归、全国人民要求收回澳门的呼声，极大地震撼了葡国政府;加上澳葡当局已被长时间的“三罢”折腾得焦头烂额，再也撑不下去。为恢复生产，稳定局面，澳葡当局不得不作顺水落蓬，开始与公团领袖们谈判，最终答应:向死难者家属与受伤者发放抚恤金，准予超度亡灵;取消乱党名目;允许各公团重新活动。
至此，澳门“五·二九”血案告一段落，由于澳门华人不屈不挠的斗争、大陆同胞的声援支持，尤其是孙中山领导的广东军政府的严正交涉，迫使澳葡当局作出了无奈的让步。
