直至
清朝覆灭。元朝时中国和今西伯利亚大部都属于蒙古版图。 1660年外蒙古库伦活佛(喇嘛教，与清王朝信仰相同)作出了影响后世数百年的决定，归附中国，而不是向沙皇俄国投降。
清朝时，蒙古地区再次纳入中国版图，除了贝加尔湖东部和南部的现在的布里亚特共和国、赤塔州等约70多万土地在1689年尼布楚条约中割让给俄罗斯外，其余蒙古地区都是中国领土。内外蒙古被统称为塞北。今蒙古国(外蒙古)清朝称喀尔喀
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蒙古，或漠北蒙古，并设有乌里雅苏台将军管辖。今内蒙古之南部地区并入内地省份，其余部分清朝留为“盟”、“道”，皆未建省。
外蒙古的分裂，只是上世纪初的事。外蒙古独立是指外蒙古于20世纪初期从中国独立出去的一直影响到现在中国的巨大历史事件，是中国历史上最黑暗的时代之一。
清朝称“喀尔喀蒙古”，于17世纪归附清朝，设乌里雅苏台将军辖区(省级行政区)。东面临近黑龙江将军辖地，西端至阿尔泰山连接新疆，南边到达翰海与内蒙古相连，北面与俄罗斯接壤。
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