总体上来说，宋教仁对日本似乎没有什么好感，他在甲午战争期间曾写诗：“要当慷慨煮黄海，手挽倭头入汉关”，到日本时正值日俄战争爆
发，宋教仁也一直关注着这场战争的进程，但他并不是关心日本的胜负而是担忧中国的命运。从本质上说，宋教仁是一个“不爱朝廷的爱国者”，他
在《二十世纪之支那》的发刊词中明确指出，“吾人之主义，可大书而特书，曰‘爱国主义’”。在宋教仁看来，清廷是国家强大的最大障碍，因而他
在杂志中不用清朝纪年而使用黄帝纪年，以示对立。
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眼看事情越闹越大，黄兴为了大局，只好自己退让一步，他事后向胡汉民写信表示愿意服从孙中山的决定。尽管如此，他本人仍旧“意颇怏
怏”。“争旗”事件对同盟会的发展影响颇大，黄兴这一退，以后便一直以大局为服从，但宋教仁等人就未免与孙中山及他的广东人马心存芥蒂了(所
谓“烧炭党人”，即太平军“粤匪”之讥也)。
宋教仁与孙中山的龉龃由来已久。在日本外务省政务局跟踪宋教仁的秘密档案中，就保存有宋教仁对孙中山的一些印象不佳的看法，如1908年11月23日，宋教仁曾说：“像孙逸仙那样的野心家做领导人，中国革命要达目的，无论如何也是不可能的”;1910年12月，宋教仁与日本朋友串户
真左树的谈话中说：“孙逸仙已是落后于时代的人物，不足以指导革命运动。”
1910年12月，宋教仁结束了近六年的流亡生涯返回上海，在于右任的邀请下，他担任了《民立报》的主笔并写下了大量的革命评论。次年3
月，宋教仁赶赴香港，参与筹备同盟会的广州起义，但由于指挥上的混乱与仓促，当宋教仁、何天炯、陈其美这路人马在4月27日凌晨抵达广州城
时，只见城门紧闭，起义已然失败。宋教仁等人无奈之下，只好再经香港返回上海。
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黄花岗起义的失败对同盟会构成了沉重的打击，其不仅损失了数十名宝贵的精英分子，而且革命士气几近于摧毁。事后，革命党内部弥漫着
一种绝望的气氛，如起义的指挥者之一赵声不久后即郁郁而终，而一向稳重的黄兴也不顾自己被炸断两根手指而执意要去行刺李准——当时的广
东水师提督，镇压起义的罪魁祸首。自始即不赞成暗杀活动的胡汉民，这次居然也表示赞成。
