锦衣卫另一项着名的职能就是“执掌廷杖”。廷杖制度始自明朝，是皇帝用来教训不听话的士大夫的一项酷刑。一旦哪位倒霉官员触怒了皇帝，被宣布加以廷杖，他就立刻被扒去官服，反绑双手，押至行刑地点午门。在那里，司礼监掌印太监和锦衣卫指挥使一左一右早已严阵以待。受刑者裹在一个大布里，随着一声“打”字，棍棒就如雨点般落在他的大腿和屁股上。
行刑者为锦衣卫校尉，他们都受过严格训练，技艺纯熟，能够准确根据司礼太监和锦衣卫指挥使的暗示地掌握受刑人的生死。如果这两人两脚象八字形张开，表示可留杖下人一条活命;反之，如果脚尖向内靠拢，则杖下人就只有死路一条了。
杖完之后，还要提起裹着受刑人布的四角，抬起后再重重摔下，此时布中人就算不死，也去了半条命。廷杖之刑对士大夫的肉体和心灵都是极大的损害，但明朝的皇帝却乐此不疲，锦衣卫将校对它也是情有独钟。
锦衣卫的第一任指挥使在历史上没有明文记载，不过综合各种蛛丝马迹来看，有明明白白的锦衣卫指挥使名分的第一人是毛骧，打造了胡惟庸死后的牵连大案，最后把自己也牵连进去陪葬了，被朱元璋为了平息众怒而推出去做了胡惟庸的垫背。
二代是蒋瓛，历史上蓝玉谋反的罪证正是他通告的朱元璋，当然在疯狂的蓝玉案后，这哥们儿被老朱一杯毒酒搞定。貌似此后到建文时代都没有常设。
第三代比较出名，成祖时代的纪纲，之前有个电视剧叫《三少爷的剑》里面的一号反角就是他，历史上他负责用雪压死了解缙，永乐十四年因为支持汉王夺嫡被砍了。因为执掌锦衣卫时的种种恶行而被列入《明史》佞倖传的第一位
此后按步升迁了几位，有一个是蒙古人赛哈智
英宗继位的时候，锦衣卫指挥使是刘勉和徐恭,《明史》上说他们“皆谨饬”。
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