蒋介石随即向戴笠秘密发出指示，要求他撤销军统局，化整为零，以减少中共及民主党派攻击的口实。
蒋介石的这个指示很高明：
一、撤销军统，使他有履行“双十协定”的信誉，应付了舆论。
二、抑制了戴笠，使军统再也不能构成对自己的潜在威协。
三、化整为零，并不是取消，等于加强，将来可以东山再起。
四、打着履行“双十协定”的旗号，戴笠无话可说。
五、将戴笠捏在手里，将来撤销军统局对戴笠用与不用，都在自己的手心之中。
蒋介石的这一步棋确实非常高明。
但戴笠看到蒋介石的命令，心情却极为恐慌。戴笠心里很清楚，他不可能抗拒蒋介石的命令，蒋介石终于要开始动手了。
戴笠也明白，如果真的化整为零，他就再也没有什么本钱了。戴笠考虑，先将军令部二厅、内政部警政司掌握起来，将军统控制的军事情报、稽查和国民党军队各级谍报参谋人员划归进二厅，将特工警察划归进警政司。另外加快成立交警总局，将军统掌握的忠义救国军、军统特务团、军委会别动军、交警总队。交通警备司令部所属各团及税警部队，加上接受投降的汪伪税警团和汉奸部队共7个多师，全部编成18个交警总队(相当于陆军加强团)和4个教导总队，全部美式装备，机械化程度也很高。戴笠极重视这些军统掌握的武装部队，认为是最重要的本钱。1946年3月1日，交警总局正式成立。另外，戴笠计划将军统局本部及外勤机关划拨到司法行政部之下成立调查室。
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但是，尽管化整为零保住了大部分实力，但军统局一旦撤消，尽被分割，自己将无处可去。关健还是要夺得海军司令的职位，这只能依靠美国人。
蒋介石明白戴笠与美国人的关系的能量，所以还觉得戴笠尚有作用。于是戴笠以视察为名飞赴青岛， 与美海军第七舰队司令柯克上将加紧联系，并达成他为戴笠活动的许诺。随后，戴又飞赴天津，受柯克要求，策划美海军陆战队于渤海湾登陆事宜。戴笠立即与美驻津司令、海军陆战第三师师长拉上关系，并设立机构居间联系。
这使得蒋介石有些犹豫，因为蒋极重视美国在华军事部队。蒋要打内战，一再请求美国部队登陆替国民党军抢占战略要道与铁路交通线。至1946年，美军在天津登陆就近五万人。蒋介石明白戴笠与美国人的关系的能量，所以还觉得戴笠尚有作用。
戴笠也抓紧时间，加紧在国防部二厅、全国警察总署、交通警察总局等公开部门合法安置军统特务。仅军统举办的全国各特警班毕业生就达15万人，这都让戴笠绞尽脑汁。所以，戴笠一直在南京、上海、北平、天津、青岛等地来回奔走，研讨对策。
戴笠还认为，只有寄希望于反共，军统才有出路。他也认为军统的牌子由于反共太臭名昭著，但决不会真正取消特务组织，只不过是否由他来继续执掌。
1946年1月10日至31日，在重庆召开中国政治协商会议(简称旧政协)时，各党派再次提出取消特务机关的口号。
正在筹备的国民参政会四届二次会议，受国共和谈、政治协商会议影响，也准备提出取消特务机关、切实保障人民权利的议案。
戴笠的对立面和政敌陈果夫、陈立夫、陈诚、李士珍等党。政、军、警大员，也趁机兴风作浪，妄图挤垮军统，致戴笠于死地。
