此时，经过一路激战和行军追赶，加上恶劣的沼泽环境，拿破仑45万大军损失惨重，仅剩16万兵力，由于战线深入，后勤供应也成了问题。在斯摩棱斯克一战虽然胜利，但是对方已经将城焚烧，并没有获得新的补给。拿破仑将赌注压在了最重要的城市莫斯科。
俄军节节败退，沙皇亚历山大一世相当不满，新授命当时俄国最有军事才能的元帅库图 佐夫为全俄联军总司令。此人足智多谋，为了阻挡拿破仑大军前进，迅速在博罗季诺修筑了坚固的防御工事。
果然，拿破仑率军如期而至博罗季诺城前，双方共投入兵力26万、大炮1200门，在几千米长的战线上开展了殊死较量，激战冲清晨一直持续到下午，双方士兵伤亡达到10余万人。夜晚时分，俄军撤退，拿破仑终于胜利。
此时的对手库图佐夫，正在面临一个艰难的抉择。经过白天激战，损失士兵约4万人。为保存俄军有生力量，他毅然决定，放弃莫斯科城!9月15日清晨，拿破仑大军终于进驻莫斯科城，但是让拿破仑失望的是，莫斯科城一片沉寂，早已撤空。
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但无论如何，此刻躺在床上的拿破仑已经非常欣慰了，他认为俄国都城已经攻陷，沙皇投降是早晚的事，疲惫的部队终于可以休息才是当前的重点，这场战争胜的太不容易了，已经远远超出自己的预估。
突然，一整骚乱将拿破仑从思绪中拉回现实，副官声色慌张地闯了进来，大事不好，城中起火了。拿破仑向外望去，只见莫斯科城陷入一片火海中，风助火势，火焰冲天。其中一排房子的火势甚至蔓延到克里姆林宫的一角，拿破仑心中一团迷惑，但是面对大火已经不由得他多想，匆匆收拾一下行李便逃离了克里姆林宫。
拿破仑布置下属组织救火，但事到临头才发觉所有的灭火工具已被毁坏，士兵们一团混乱。大火慢慢吞噬着法军的粮草、武器，直到三天之后一场暴雨来到，灰烬里到处都是惨不忍睹的尸体。
此时的拿破仑从来没有想到在自己叱咤风云的战争中会遇到如此大丢颜面的局面，但他始终侥幸地觉得，俄国军队已受重伤，莫斯科沦陷，天平任然向自己倾斜。于是派出一名使者从莫斯科出发，找到沙皇媾和，表示愿意与俄国缔结“最宽大、最光荣、最不侮辱人的停战合约”。亚历山大对使者说：“只要俄国疆土上还存在一名法国士兵，停战就免谈。”
此时的拿破仑如果率领军队直接进攻圣彼得堡，或许会一举擒获亚利山大一世，但是法军却在莫斯科城的废墟中驻扎下来，一直到10月中旬，雪花纷纷扬扬飘落，身着夏装的法国士兵更本无法御寒，再加上后勤补给严重短缺拿破仑不得不命令部队撤退。
