还在朝鲜战争期间，金日成就对威胁到他的干部进行清洗，经过1956年对莫斯科派和延安派的排挤和打击，到1958年形成了金日成一统天下的局面。
1945年12月苏联占领当局逐渐把以曹晚植为首的地方民族主义者排挤出政治舞台，扶持金日成上台，并联合来自苏联的朝鲜族干部代表许哥而以及来自南方的朝鲜代表朴宪永、朴正爱等，建立起亲苏的北朝鲜政权。
以金日成为首的游击队派虽然人数不多，但占据了主导地位；莫斯科派（来自苏联的朝鲜族人）和南方派（或国内派）虽势力较小，但个别领袖人物在党内也很有影响力。延安派成员则多为军事领导干部，在朝鲜战争期间发挥了重要作用。
还在朝鲜战争期间，那些对金日成的地位和威信构成威胁的各派领导干部就开始遭到清洗。矛头首先指向掌握着军事实权的延安派。1950年12月，武亭因平壤失守被罢免，不久朴一禹、方虎山也相继被贬和被捕。随后轮到莫斯科派干部。1951年11月，莫斯科派中最突出的人物许哥而因与金日成意见不合，被开除党籍，虽在苏联的干预下保留了副首相的职务，但最终还是受审，被迫于1953年初自杀。1953年8月，以李承烨为首的一大批南方派干部受到法庭审判，罪名是美国间谍、破坏南方革命力量和企图颠覆共和国。此案矛头实际上针对的是早在半年前就被捕的南方派首脑人物朴宪永，两年后，最高法院便以间谍罪判处朴宪永死刑。
经过一连串的内部争斗，劳动党内各派终于都归附金日成麾下，朝鲜停战后不久形成的新领导班子，不仅增加了游击队派的金一，还有延安派的金料奉、金昌满，莫斯科派的朴昌玉、朴永彬，甚至南方派的朴正爱。然而，分歧和矛盾只是在高压下暂时消失，问题并没有得到真正解决。
清洗莫斯科派
苏共二十大以后，在赫鲁晓夫批判斯大林个人崇拜风潮的影响下，朝鲜劳动党内的不满情绪再次爆发出来。1956年3月19日，金日成收到苏联使馆送来的赫鲁晓夫关于《个人崇拜及其后果》的报告，表示将认真贯彻到劳动党实际工作中。但真实情况是，在第二天中央全会学习苏共二十大的材料时，除了从莫斯科回来的崔庸健做报告外，只有金日成、外相南日和宣传部副部长李一根三人发言。谈到个人崇拜问题时，金日成专讲南方党员对朴宪永的崇拜，而对朝鲜劳动党内严重存在的对他个人的崇拜现象，如全国各地都建立了他的纪念碑，到处可以看到他的肖像，电影、歌曲、著作都在歌颂他的英明等，却只字不提。
1956年4月23～28日，朝鲜劳动党召开了第三次代表大会。大会的主要目的是进行人事调整，进一步消除反对派的势力和影响。会议既没有讨论人们议论纷纷的党内个人崇拜问题，也没有消除前一段广大干部对人事处理的不满情绪，甚至也没有研究人民普遍关心的经济困难和生活问题。金日成的长篇报告，除了赞扬朝鲜的政治地位和经济成就外，就是反复批判朴宪永等南方派领导人以及其它“分裂党的宗派主义活动”。
三大对中央委员会进行了大规模调整，以保证对金日成的忠诚和支持。在71名中央委员中，新选43人，上届保留下来的只有28人，在45名候补中央委员中，新选43人，保留的只有2人，会议期间，在报纸和发言中对金日成的颂扬反而愈演愈烈。积极追随金日成的劳动党副委员长金昌满指出：“我们党内没有个人崇拜现象”，过去出现过的，就是“在南方对朴宪永的个人崇拜，在北方对许哥而的个人崇拜”。同时警告大家，“关于现在我们党存在个人崇拜的言论不仅不能巩固、反而只会削弱我们党。因此，谁要发表这样的言论就处分谁。”
这次会议的人事调整主要是针对莫斯科派的。金日成提出，有一些从苏联回来的干部已经接受了朝鲜国籍，又不愿放弃苏联国籍，为什么还要选他们当中央委员？结果，这些人全部被排除在候选人之外。在代表大会后召开的中央常务委员会会议上，金日成又针对莫斯科派干部经常光顾苏联使馆的情况，特别强调了保守机密和加强纪律的问题，并规定从即刻开始，与外国人的一切联系必须通过外交部和外贸部进行。
既然斗争的矛头主要是指向莫斯科派，因此对延安派显得十分宽容。也是在这次常委会议上，金日成主动提出了朴一禹的问题，他决定：朴一禹理应予以释放，但目前暂不执行。对于延安派干部李相朝的问题，金日成也没有追究。李在战争初期曾作为金日成的代表驻在北京，这次是从驻苏大使任上特意回国参加第三次代表大会的。会议期间，他曾两次给主席团写便条，建议讨论劳动党内部存在的个人崇拜问题。李提的建议非但没人理睬，还差点被撤销大使的职务。后来元老金枓奉出面找金日成，表明自己的不同意见，风波才算平息。
延安派在行动
