美国U-2飞机拍摄下的驻古巴苏军导弹阵地
苏联认为古巴是其在拉美的一个重要阵地，通过对古巴的支援，可以控制古巴，进而扩大自己在拉丁美洲的影响，并且想借此改变苏美军事力量，尤其是核力量的对比。于是，便决定援助古巴，向古巴提供了大批武器装备，并派出了顾问团。同时，苏联领导人赫鲁晓夫也十分清楚：古巴距美国仅有140海里之遥，而距苏联却达10000多公里，并且美国还拥有核优势，苏联没有能力在如此遥远的地方和美国对抗。但是，苏联拥有中程弹道导弹，因此决定在古巴秘密部署中程弹道导弹。1962年6月，苏联和古巴签署了部署苏联导弹的秘密协议，该协议的主要内容是：古巴接受苏联的24个中程和中远程弹道火箭，每个携带两枚导弹和一个核弹头；24个先进的萨姆II型地空导弹发射器；42架米格战斗机和42架伊尔—28轰炸机；加上其他一些海岸防卫武器。这些武器由苏联人掌控，另外派4.2万名军人驻扎在古巴。
1962年10月15日，美国U—2飞机拍摄到了苏联中程弹道导弹的照片，美国很快确认，苏联已经在古巴部署了16至32枚导弹核武器。10月22日，美国总统肯尼迪公开宣布：苏联在古巴部署了导弹，这一行为已经构成了“所有美洲国家和平与安全的明显威胁”，美国对此绝不会听之任之；我已经下令封锁古巴，并对一切正在运往古巴的进攻性军事装备实行海上“隔离”，苏联必须在联合国的监督下撤走进攻性武器。23日，肯尼迪又签署了《禁止进攻性武器运往古巴》的公告，宣布从24日起将拦截可能前往古巴的舰船并勒令这些船只听候美国的检查。与此同时，美国摆出一副核大战的样子，调动了180艘舰船（包括8艘航母），68个空军中队，战略轰炸机携带核弹升空、战略核潜艇出海，另有5个师的部队集结在佛罗里达，全球美军处于核战备状态。
