无论在史书上，还是在人们的印象中，陈诚始终被人们视为蒋介石的股肱和心腹。但从新近出版的《陈诚回忆录》、陈诚的《与蒋中正先生往来函电》和陈诚的《家书》以及美国斯坦福大学胡佛研究所档案馆藏的《蒋介石日记》等史料来看，陈蒋关系并不是人们想象的那般亲密，而是有时也冲突得厉害。
陈诚对蒋介石的不满
陈诚对蒋介石的意见，其先是不满蒋用人讲派系、放纵左右亲近之人，以及常被阿谀逢迎的小人所包围。陈诚认为，处理国事，“最忌专任一派一系，而予人以清一色之口实，凡在亲近左右，尤不可不慎”，“彼暴戾卑鄙阿谀苟私之辈，往往足以偾事”。他并且明言蒋介石身边“独少真实恢宏之士”，“总司令部之经理度支，颇有秽声”。故希望蒋介石“宜以超然眼光，严正态度，临莅一切。”但蒋介石无论如何不能如陈诚所愿，所以直到1935年秋，陈诚中仍在说“概以蒋先生之欢喜人家□□，一般无不阳奉阴违，□某即一例也”。前两个空白□□，无疑只能是恭谨或阿谀奉承之类。
在读书和对待宗教等问题上，陈诚也不以蒋介石为然。1931年4月18日，蒋介石发表《主义与宗教之关系》一文，称共产主义为“共产教”，提出用耶稣教打倒“共产教”。陈诚在家书中说，蒋的那篇文章，“实在使我们对于革命前途起了无限的失望和悲观”，因为“共产主义决不是共产教，而耶教绝对不能打倒共产主义。……青年信仰不坚确，不能以耶教做中心，可以使之坚确”。他强调只有真正贯彻孙中山的三民主义，才能获得青年的信从。同年6月，蒋介石在江西对“剿共”将领讲《曾胡治兵语录》，陈诚自称“稍有不同意处，盖战术固有一定原则，然运用之妙，存乎一心，不能拘泥也。”陈诚说蒋介石曾特地送他“一部《读史方舆纪要》，一部《江西全省舆图》，而且再三同我讲这两本书，对于现在剿匪的重要。我又感到我们中国的不长进，一切都是复古。……比较其他的国家来看，我只有惭惧。”
陈诚与蒋介石在抗战上的分歧
抗日战争期间，蒋介石对陈诚越来越倚重。1942年12月，蒋介石指示陈诚担任“远征军总司令”，前往云南，准备“明春能如期反攻，不致贻误大局，为外人所蔑视”。陈诚鉴于同年3至8月间中国远征军的首次赴缅作战，完全成了掩护驻缅英军的撤退行动，且远征军伤亡惨重，因此明确反对短期内再次赴缅作战。他在是年12月31日的特急电呈中，分析英美“各顾其根本”，即都把自己的根本利益摆在首位。但陈诚迫于蒋命，还是在1943年3月6日与史迪威同飞昆明。
1943年8月间，陈诚鉴于“今日部队实际情况，确属难言反攻。非但难言反攻，纵令走到缅甸亦不可能”，遂在9月6日致书蒋介石，称自己“能力薄弱，毫无建树，瞻念前途，陨越堪虞。为免贻误戎机，重视责任起见，谨恳钧座赐准解除远征军司令长官职务，另行派员接充”。蒋介石迟至9月15日才回函，严斥陈诚：“你近日之态度言行或不自知，你的观念思想或未自反省，我不得不对你作最后之规谏。……这种跋扈恣睢之形态，除非政府已倒国家将亡，纪律纲维荡然无存时，乃始有此。”同日，蒋在日记中记载：“下午手书致辞修，痛斥其跋扈恣睢之形态，促其反省。如再不觉悟，此人不可复教矣。”（《蒋介石日记》1943年9月15日）这也可见两人言辞冲突之激烈。
