郭案牵连 终遭罢黜
及至1954年，“美台共同防御条约”签署，台湾被正式纳入美国在远东的防卫圈中，台湾的安全得到极大的巩固。对于蒋介石来说，此刻的孙立人不但没有任何用处，相反还是威胁，尽管孙已经没有什么实权了。
这一年6月，孙立人被调任“总统府”参军长，明升实贬，彻底被解除了兵权。然而这还并不意味着结束，一场更大的阴谋正在酝酿当中。
1955年5月25日，在蒋的授意下，毛人凤将孙的旧部、步兵学校少校教官郭廷亮以“匪谍”为名逮捕，由此拉开又一拨整肃高潮，一周之后，台湾南部又爆发了所谓“兵谏案”。不到一个月的时间内，被拘捕的孙立人的旧部达到300多人，意在通过这些下属来寻找打击孙立人的突破口。
郭廷亮被捕4天后，蒋介石还故作无事地召见孙立人，据孙回忆：
“一九五五年五月廿八日上午十时正，'总统'召见我，第一句话问我近来看什么书？我回答：'看《南宋史》。'他说：'那很好，很好。'他接著说：'你没有什么，你以后少跟政客们来往。'我回答他说：'是的，我一生最讨厌玩政治和与政客打交道。'他随即说：'这次我要把你给孤立起来。'同时他面色变得很难看（气愤），随即又回转微笑（不自然的）说：'你对于训练部队很好，不过打仗不行。'
我当时听了他这话，几乎迷惑了。真是使我啼笑皆非，不知从何说起。我当时直言以对：'不然，将不知兵，何以为战？盖兵战实为一体两面，而不可分离。窃职总发从军追随钧座卅余年，转战国内外大小凡百余战，从未辱钧命，而攻无不克，战无不胜，守无寸土之失。殊不知钧座所言'打仗不行'何所指也？若言争权夺利，欺世盗名，则我不屑也。'言毕敬礼而退。未想到这竟是最后一次的见面。”
面对山雨欲来，谣言满天，许多人劝孙立人尽速出走，但耿直的孙立人自认问心无愧，不为所动。而此时已被逮捕的郭廷亮，被押往高雄凤山审讯，政工干部要他承认有谋叛意图，逼他交出孙立人的所谓兵变计划。郭廷亮自然严词拒绝了这些子虚乌有的问题，于是遭受严刑拷打。他不为所动，坚持不承认有谋叛企图。眼看一招不成，保密局特勤室主任毛惕园又策划出一计。先是将郭的妻儿也关入监牢。然后他与毛人凤共同导演，劝郭廷亮写自白书承认自己是“共产党的间谍”以此来换取早日释放，并且谎称保证出狱有工作，不会牵连孙立人。在威逼利诱之下，郭廷亮写下了“自白书”。接着办案人员拿着这份“自白书”去威胁其他涉案人员，几经反复，终于有了几十份令他们满意的“自白书”。自此郭廷亮“匪谍”案和南部“兵谏”案便告坐实，扳倒孙立人已是箭在弦上。
8月3日，“总统府”局长黄伯度带着上述“自白书”来到已被宪兵包围的孙立人官邸，要其引咎辞职。孙立人知道其中必定有诈，断然拒绝。黄又透过其部下陆军副总司令贾幼慧，以及孙的侄子孙克刚等，转达“上面”坚决整顿孙立人旧属的立场，要孙立人顾全300多名部下的性命。自知回天乏术，孙立人无奈写下一份简短辞呈。然而这份辞呈并不能令上面满意，反复几次，写出了一份“符合要求”的辞呈。
8月20日，“总统府”发布“彻查令”，10月23日，歪曲事实的报告出炉，结论是：孙的部下郭廷亮“为中共工作”，利用孙的关系在军中联络军官，准备发动“兵谏”，孙未及时“举报”亦未“采取适当防范之措施”，“应负责任”。郭廷亮被判处无期徒刑，先在绿岛监狱服刑，假释后，却发生了在火车上跳车身亡的离奇“意外”。
