西北、西南地域辽阔，各有两个军区：兰州军区和乌鲁木齐军区；成都军区和昆明军区。为便于战场统一指挥，可各保留一个军区。乌鲁木齐（新疆）军区原为省级军区，地处西北边陲。兰州军区辖陕甘宁青，均为西北二线地区。从整个西北战场考虑，既要顾及南疆、北疆，又要兼顾河西走廊，兰州位置比较理想。因此乌鲁木齐军区并入兰州军区，没有什么争议。
至于西南的成都、昆明两军区，撤谁留谁，理由都很充分，是这次大军区调整中最棘手的问题。当时对越自卫反击战还没有完全结束，昆明军区是所有军区中唯一还有作战任务的军区。这是保留昆明军区一个重要理由。1985年春节期间，时任中共中央总书记的胡耀邦和中央军委副主席杨尚昆等人前去昆明军区视察慰问，胡耀邦题词“国威军威看西南”，这都被看成保留昆明军区的迹象。在军委一开始的讨论方案中确实也是要将成都军区并入昆明军区。
但在后来的反复论证中，认为昆明军区合并到成都军区更为合适的意见逐渐占了上风。这主要是因为成都军区距离西藏自治区最近、最便利，几十年来一直承担着保卫西藏、作为西藏战略后方的重任。而且成都又是西南地区经济和文化的中心，历朝历代均为军事重地，交通发达，物产丰富。而军区指挥机关如果设在昆明，战略纵深比较短，一旦有情况，不利于部队的机动和调动。保留昆明军区是眼前的考虑，但保留成都军区是长久的战略打算。从战线上看，军区设在成都地理位置适中，可以兼顾西藏、云南两个方向；但设在昆明偏于一隅，不便于对西藏的支援。于是，最终一致认为昆明军区合并到成都军区更合适。但是，在中央正式宣布最终裁军方案之前，昆明军区已做了接收成都军区的一切准备；而在千里之外的成都军区则做着撤销前的各种准备。直到1985年6月3日军委扩大会议上才最后揭晓，结果截然相反，两大军区的命运可以说一夜之间天壤之别！
1985年7月，中共中央、国务院、中央军委正式批准《军队体制改革、精简整编方案》，决定将11个大军区调整为7个大军区：沈阳军区、北京军区不动，保持原建制；福州军区并入南京军区；武汉军区分别并入济南军区、广州军区；昆明军区并入成都军区；乌鲁木齐军区改为新疆军区，降格为兵团级，划归兰州军区建制领导。撤销福州军区、武汉军区、昆明军区、乌鲁木齐军区番号。
调整后的军区，由于战区范围的扩大，兵员充足，物质资源雄厚，战役纵深加大，提高了独立作战能力。军区设有司令部、政治部、后勤部等领导指挥机关。司令部编有作战、情报、通信、训练、军务装备、动员、兵种等部门，政治部编有组织、干部、宣传、保卫、文化、群工等部门，后勤部编有司令部和财务、军需、卫生、军械、运输、生产等部门。下辖若干个陆军集团军、各兵种部队、后勤保障部队和省军区、军事院校等。主要职能是：在中央军委、总部的领导指挥下，根据总的战略意图，拟制本区作战计划，组织协调本区内陆军、海军、空军三军部队的协同作战行动和演习；直接领导所属陆军部队的组织建设、军事训练、行政管理、政治工作和后勤保障等；领导本区的民兵、兵役、动员、人民防空和战场建设等工作。1998年，各军区成立装备部，与军区司、政、后机关平行。装备部设有司令部、政治部、综合计划、军兵种、装备科研订购、通用装备保障、电子信息等部门。1999年，军区后勤部改为联勤部，对辖区内的陆海空军和二炮部队实施联勤保障。
