会议对毛泽东的报告进行了讨论。关于独立自主山地游击战战略方针，对“独立自主”和“山地战”两条原则并无不同意见，关键是如何理解“游击战”的原则。如有同志主张红军要配合国民党多打大仗。他们认为运动战虽然比国内战争时机会减少，但在民族战争的条件下，发动群众麻痹敌人，调动敌人是可能的。在胜利把握较多时，可集中优势兵力歼灭敌人，因而主张提“游击运动战”或“独立自主的山地运动游击战”。
这种意见有部分的道理。因为就运动战与游击战比较而言，它们在战役的进攻性和流动性上都是一致的，差别就在于是否集中兵力（正规兵团），而且就这一差别来说，游击战有时在战役战斗中也需要集中兵力，以造成对敌优势而取得胜利。那么怎样的集中才算运动战，怎样的分散才算游击战，有时很难明确一个界线。所以毛泽东同意在“独立自主山地游击战”后面加上“包括在有利条件下消灭敌人兵团”的话。
但是以游击战为主，还是以运动战为主，这是有原则性差别的。以游击战为主，就是要分散兵力以发动群众为主；以运动战为主，就是要集中兵力以打仗为主。“集中打仗则不能做群众工作，做群众工作则不能集中打仗，二者不能并举”。所以这种意见希望把游击战与运动战并列起来是不可能的，实际上还是主张以运动战为主，以游击战为辅。
“抗日游击战争，本质上是抗日的群众运动”，所以以谁为主的问题，说到底还是如何看待人民群众的问题，是相信人民群众的力量，还是把希望寄托在国民党正规军身上的问题。毛泽东主张把八路军分散开来，发动群众，组织起千万个游击队，打麻雀战。这样做虽然暂时起不到战略决战的作用，但是结小胜为大胜，最终能使日寇丧身于人民战争的汪洋大海之中。而有同志则主张把仅有的几万人的八路军集中起来使用，配合国民党军打大仗，这样做是用我之短，对付敌之长，就会使八路军随时可能处于危险的境地。所以，毛泽东的主张是正确的。但是，由于八路军急于上前线，对游击战战略方针还没有讨论透彻，洛川会议就结束了。
在洛川会议上，彭德怀就八路军作战等问题同毛泽东进行过个别交谈。彭德怀认为，红军的游击战与运动战有不可分割的关系，所以他建议在“独立自主山地游击战”后面加上“不放弃有利条件下的运动战”。彭德怀以后回忆当时的情景时说：“由于这一句是我加的，我也就是记得这一句。在一个时期中，运动游击战或者游击运动战，把两个概念主次不分的混淆起来。”洛川会议后，毛泽东曾多次致电彭德怀，向他反复阐明独立自主山地游击战的基本原则。在9月21日的电报中，毛泽东一方面要求彭德怀坚持游击战争的观点，从远处大处着想，另一方面要求他对于个别同志不妥当的观点给予深刻的解释，使“战略方针归于一致。”
当时中共中央北方局和华北军分会对山西战局有不同的看法。北方局认为，“华北抗日的正规战争如果继续遭受一些挫败，游击战争将成为华北人民反对日本帝国主义的主要斗争方式。”而华北军分会认为，如果八路军积极影响和配合国民党军，这个地区可以作长期华北抗战以及反攻日军的基地。以后战争形势发展说明，华北军分会对于形势的估计过于乐观了。9月25日，华北军分会在一封部署军事行动的电报中，对此有所检讨，表示愿意“接受山西同志批评我军宣传工作不够，特别口头宣传差”的意见。第二天，毛泽东发电同意华北军分会的检讨，并批准“全部军队照朱、彭、任二十五日七时电部署”。
为配合国民党军保卫太原，华北军分会于10月8日发出《目前华北战争形势与我军任务的指示》。这个指示模糊了“游击战”和“运动战”的主次关系，提出“我们必须依据独立自主的运动战机动果敢的作战原则，以高度的积极动作，争取新的胜利”。指示还指出“必须反对一切民族失败主义的情绪和认为华北局势无法挽救的宿命论”等。这是一个脱离实际和经不起实践考验的错误指示。毛泽东于10月17日同张闻天致电朱德、彭德怀、任弼时，明确指出：“军分会十月八日指示文件，有原则错误，望停止传达。”对华北军分会这个指示的错误，任弼时在后来延安整风时承认，他们当时“对国民党进步估计过高”，对“自己力量估计太大”，本质是“轻敌”。但毛泽东说，主要是对洛川会议精神宣传不够，“除此项外是好的”。
对于抗日游击战战略方针产生分歧意见的主要原因：首先是因为它“在整个人类的战争史上，都是颇为新鲜的事情”，所以对于这个新事物不大理解，以至产生分歧意见是不奇怪的。其次是对于抗战到来后敌我友各方发生的变化缺乏深刻的认识，过高过大地估计了国民党军和八路军自己的力量。再次同当时华北战场的实际需要也有很大关系，因为在太原失陷前，八路军对日作战基本上还是运动战。总之，上述原因说明，这种分歧就性质来说是属于认识问题。经过毛泽东做反复的说服教育工作，在太原失守后，于“正规战争结束，剩下的只是红军为主的游击战争”的情况下，尽管还受到刚从国外回来的王明的干扰，但在实际上这种分歧已经不存在了。
三、毛泽东最初实施游击战战略方针的三步分兵
分散兵力，是游击战战略方针的主要原则，也是实施游击战战略方针的首要条件。毛泽东说：要实行独立自主的山地游击战（不是运动战），“就要战略上有有力部队处于敌之翼侧，就要以创造根据地发动群众为主，就要分散兵力，而不是以集中打仗为主。”“只有分散做群众工作，才是决定地制胜敌人、援助友军的唯一无二的办法”。所以，毛泽东在实施游击战战略方针中，首先改变八路军兵力过于集中的状况，逐步分散兵力，先师旅后团营，甚至连排班，把正规军一步一步地化为游击兵团、游击支队，甚至更小的游击队。其特点是一步比一步更分散。使这些分散的武装，深入敌后，与群众结合起来，建立抗日根据地，真正开展游击战争。
毛泽东第一步分兵是将八路军三个师集中部署改变为分散部署，变被动为主动，使八路军打了许多胜仗。
