李克农全力调查组织遭受破坏的原因和经过，过度的痛苦和焦虑使李克农像大病了一场
由于熊向晖、陈忠经、申健等几个最重要的、打入西安国民党军政上层核心的情报人员都由王石坚领导，周恩来自然非常担心。其实王石坚早已供出了熊向晖等人的真实身份，只是特务们投鼠忌器，顾虑重重。对此，熊向晖在其回忆录中描述了周恩来当时非常精辟的分析：“王石坚的事，是下面保密局系统的人搞的，蒋介石不会马上知道。从戴笠起，沿下来的郑介民、毛人凤，都同胡宗南有很深的关系，他们唇齿相依。胡宗南一定会压住。王石坚没有供出你们三人的真实身份，那当然好。其实供不供无关重要。……即便王石坚招供，胡宗南也会让保密局保他的驾，……我估计胡宗南心里有数，必然压着顶着，不敢声张，还会否认。对这样的事，我有点准头。”结果事情的发展果然不出周恩来的所料。当时正在美国留学的熊向晖等三人，在收到李克农的紧急通知后一直到解放后才安全回国。
王石坚案发生之际，中央社会部正驻在晋西北临县一个偏僻的山村刘王沟。过度的痛苦和焦虑使李克农像大病了一场，但他仍然坚持工作，努力使损失减到最小。李克农一一听取了从东北、华北和西北地区紧急撤回根据地情报人员的汇报，采取了一系列的补救措施，指示各地组织要接受教训，割断横的关系，割断和地方党组织的联系，秘密电台要采取措施，防止敌人测向的破坏，要特别注意情报组织和情报人员的安全。李克农还想方设法寻找一些在转移中失散了的情报人员，并全力调查组织遭受破坏的原因和经过。
1947年11月23日，李克农向中央写出检查报告并请求处分。李克农说：秘密工作虽难免遭受破坏，但如没有这些缺点和错误，即使部分组织发生问题，亦不致牵连如此之广，破坏如此之大。周恩来看了报告后说：“有这样的检查报告和善后措施很好，就照这样办。我们进行武装斗争还有打败仗的时候，何况是秘密战线呢！”周恩来还说：“反正我们把胡宗南斗垮了。有此检讨即可，不必议处。”以此来勉励李克农。
1949年北平解放后，李克农查到了国民党特务头子写给蒋介石关于破获此案的详细报告，并提审了几个当时直接参与此案的被捕敌特人员，才知道敌人不仅是通过无线电测向，而且还配以飞贼侦察才得手的。于是李克农就在北京西郊主持召开了有百十人参加的总结会议。李克农在会上讲了北平电台被破坏的经过，讲了谢士炎等5人被捕后解到南京，英勇就义于雨花台。李克农还在会上大骂了北平电台的叛徒，也再次对此案暴露出的问题作了检讨。最后李克农还表扬了一位东北的情报员，在出事后仍然不顾危险带着一份关于陈诚作战命令的重要情报进入解放区。
王石坚情报系统的挫折并没有影响这一时期我情报工作的辉煌，毛泽东评价说：“解放战争中的情报工作是最成功的。”
