5月13日，在林彪、江青的挑动下，分属两派的军队和地方造反派为文艺演出由谁参加的问题，大打出手，死伤多人。肖华果断地平息了这场武斗。而林彪、江青一伙却翻云覆雨，挑动造反派，把这次事件嫁祸到肖华头上，叶群指使造反派把批判肖华的大字报贴到天安门广场。周总理见情况不妙，立即让肖华夫妇搬到山上。还未来得及动身，造反派的几十辆汽车就包围了肖华的家。肖华被批斗一个多月，身患肝炎的他被折磨得精疲力竭。他不得已给毛主席写了一封信。毛主席很快指示:造反派不要再搞了，肖华身体本来不好，让他休息几天，若真有问题，“书面检查，以此了案”。然而，事情并未了结，一个置肖华于死地的阴谋正在加紧策划。
林彪一道黑令肖华神秘失踪文革初期，毛主席在天安门接见红卫兵，要肖华参加。“四人帮”得知后，布置一伙人截住肖华的车，致使肖华未能参加。1967年7月25日，林彪在天安门城楼上接见了他们操纵的人，指示说:要彻底砸烂总政阎王殿。自此，肖华被连续批斗。八月，在黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作的操纵下，一大批造反派疯狂地冲进总政大院，把标语贴满墙壁。其中一则标语尤令人注意:“毛主席说，肖华是扶不起的天子”（粉碎“四人帮”后，肖华的夫人王新兰曾向毛主席身边的工作人员了解毛主席是否说过此话？工作人员都未听说）。
1967年12月，在林彪、江青一伙的操纵下，造反派炮制了一份《关于反革命修正主义分子肖华的罪行和处理意见的报告》，分别上报毛泽东、林彪、中共中央、中央军委、中央文革小组。在这份充满诬陷、不实之词的报告中，他们罗列了肖华的“六大罪状”，对于“总政阎王殿”的问题，他们是这样说的:“总政治部长期被彭德怀、黄克诚、谭政、罗瑞卿、肖华所把持，经过他们苦心经营，变成了水泼不进、针插不进的资产阶级独立王国，一个刘、邓设在我军的黑店。”1968年初，林彪、江青反革命集团把肖华极其秘密地关押在离总政不远的一个叫做松树胡同的小院里。从此，肖华"失踪"了。
