时过不久，苏振华、刘道生等海军领导、海军党委原常委的多数成员被“打倒”，海军副司令员陶勇被迫害致死。因有毛泽东的“最高指示”，肖劲光打不倒。李作鹏当不成海军司令，于是在1967年改任为海军第一政治委员。1968年9月，中央军委再次颁发命令，任命李作鹏为中国人民解放军副总参谋长兼海军政治委员，并于翌年取代肖劲光担任了海军党委第一书记。
李作鹏在林彪的支持下，主持着海军的全面工作。肖劲光等部分尚在位的老同志则按照军队的传统、纪律，努力管理着部队、支撑着局面。此后海军上层的斗争也越来越复杂。直到1971年“九一三”林彪叛逃后，才有了初步结论，海军部队的形势出现转机。
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