金日成由此开始的一系列清除异己的行动，导致中朝关系急剧恶化。
金日成清除异己朝鲜劳动党是在战前不久才由4个主要派别联合组成的，以金日成为首的游击队派虽然人数不多，但占据了主导地位；延安派成员则多为军事领导干部，在战争期间发挥了重要作用；莫斯科派(来自苏联的朝鲜族人)和南方派(或国内派)虽势力较小，但也有个别领袖人物在党内很有影响。
还在战争期间，那些对金日成的地位和威信构成威胁的各派领导干部就开始遭到清洗。矛头首先指向掌握着军事实权的延安派干部。1950年12月，武亭因平壤失守被罢免，不久朴一禹、方虎山也相继被贬和被捕。
随后轮到莫斯科派干部。1951年11月，莫斯科派中最突出的人物许哥而因与金日成意见不合，被开除党籍，虽在苏联的干预下保留了副首相的职务，但最终还是被迫于1953年初自杀。
1953年8月，以李承烨为首的一大批南方派干部受到法庭审判，罪名是美国间谍、破坏南方革命力量和企图颠覆共和国。此案的矛头实际上是针对早在半年前就被捕的南方派首脑人物朴宪永的，两年后，最高法院以间谍罪判处朴宪永死刑。
经过一连串的内部争斗，朝鲜党内各派终于都归附金日成麾下，朝鲜停战后不久形成的新领导班子，不仅增加了游击队派的金一，还有延安派的金奉、金昌满，莫斯科派的朴昌玉、朴永彬，甚至南方派的朴正爱。然而，分歧和矛盾只是在高压下暂时消失，问题并没有得到真正解决。
苏联外交部观察到，朝鲜停战后，中朝关系有“不正常现象”。如“志愿军司令部坐落在离平壤几十公里的地方，居住条件很差，朝鲜领导同志也极少去那里”；在平壤的战争展览馆，12个战绩展厅中只留给中国志愿军战士一个，而在其余的所有展厅中，朝鲜人民军的作战行动被解释成与中国志愿军无关；“金日成打算逐步解除在中国待过的领导工作者在党和政府中的职务”等。
而中国政府在1952年召回驻朝大使后，直到1955年1月没有再派新大使。在朝鲜驻华使馆举行的招待会上，周恩来“几乎没有同朝鲜代表交谈过”。苏方据此得出的结论是，“中国同志对朝鲜人的行为很不满(尽管没有公开表达过)，但他们对朝鲜人表现得很克制。”
这一切，显然都与金日成开展党内斗争，清除朝鲜劳动党内的亲中力量，有着千丝万缕的微妙关系。
“莫斯科派”首先遭排挤1956年苏共二十大以后，在赫鲁晓夫批判斯大林“个人崇拜”风潮的影响下，金日成清除党内反对力量，首先指向莫斯科派。
