公正地说，攻克南京建都初期，韦昌辉是有功的。那时他主管军事，在北王府搭建高高了望楼，一旦敌军攻城，韦昌辉就亲自登上高楼指挥，白天以吹角摇旗为号，夜里则以悬灯为令，将士们就以号令出击，力战清军。
可是，一见韦昌辉能干有功，东王李秀清便处处压制、羞辱他。接着就发生了几件事。
第一件事：剥夺兵权。
杨秀清先是在北王府发号施令调兵遣将。而后，下令将韦昌辉的军权转交给翼王石达开。将保卫国都天京的指挥部由北王府改设于翼王府。
不久，杨秀清又将他调离天京，派到湖北去任督师，刚出京城，又被调回，改派石达开前去。
第二件事：追查失职。
太平天国甲寅四年二月发生了“激辩水营”事件——“韦昌辉派部下张子朋乘船上犯湖北，张子朋性情凶狠，因为争船只，责打水营多贼，众心齐叛。”
杨秀清以此追究韦昌辉的失职责任，将韦昌辉打了数百杖，几天都不能起床。
第三件事：杀其兄长。
韦昌辉的哥哥与杨秀清的妻兄为争夺房屋发生争执，大舅子杨秀清很生气，要杀了韦昌辉的哥哥。而且还不亲自动手，要求韦昌辉亲自治罪。韦昌辉被逼无奈，给自己哥哥定了个五马分尸的死罪。
从这几件事可以知道，韦昌辉对杨秀清充满刻骨的怨恨。那么，表面上韦昌辉是什么反应呢？一般情况下，哪里有压迫，哪里就有反抗。韦昌辉却大不一样，他越是受到东王的压制和羞辱，越是对东王毕恭毕敬百依百顺。他能忍。
忍能成大事。无数历史经验告诉我们，逞匹夫之勇的无一不是惨败收场。韦昌辉就忍了下来，他越恨东王，面上就越做出一副畏惧的样子。让杨秀清以为，自己的权威完全把韦昌辉震慑住了，他被自己压服了。
相形之下，韦昌辉就奸猾多了。他有两副嘴脸，一副迷惑杨秀清，一副给了天王洪秀全。在天王跟前，韦昌辉时刻表现出对领袖的忠诚和爱戴，以博取信任。尤其是杨秀清假托“天父”附身要杖打洪秀全时，韦昌辉舍身要代替受罚。这一点让洪秀全很感动，又越发信任这个北王了。
因此，天王决定除掉杨秀清，是韦昌辉千载难逢的机会。他与石达开密议，要斩草除根，不但要诛杀杨秀清，还要诛杀杨秀清的三位兄弟杨元清、杨润清和杨辅清。
可是，韦昌辉和石达开还没商议妥当，杨秀清就已经敏锐地嗅到了杀气。
我们知道，但凡生死关头，先下手为强，后下手遭殃。当你确定危险步步逼近时，不应该是退缩，退缩只会让自己像狗一样逃窜，结局是像狗一样被杀死。因此，最聪明的方式就是：迎上去打，让对方措手不及！
杨秀清的方式则比迎上去打更胜一筹，他来了个釜底抽薪。怎么干的呢？他命令韦昌辉赶赴江西任督师，命令翼王石达赶赴武昌任督师。这样，既瓦解了对方联盟的力量，又让危险远离自己身边。更关键是，北王和翼王一离开，他就可以加害洪秀全，除掉天王，再回头收拾韦、石二人，而后一统大权。
主意很不错。接到诏令的韦昌辉和石达开不得不上了路。但杨秀清万万没想到，就在他策划伺机夺位、谋害洪秀全的时候，却被他自己的心腹给出卖了。
这个心腹是谁呢？
他就是陈承容。这个人加入太平天国很早，可他放弃高官的位置，甘愿在东王府里做下人，干什么呢？专职侍候东王的两个儿子。他这么做自然是有原因的，因为东王曾经杖责过他，由此他怀恨在心，表面上假装对东王恭敬奉迎，久而久之，被东王视为可信的心腹。
这说明当别人妥协的时候，千万别认为对方软弱，那是对方静待时机给你致命一击。陈承容就是如此，他暗中向天王告密，说东王杨秀清称了万岁还不满足，还要杀王篡位。不但告了密，陈承容还自告奋勇，说自己愿意替天王杀贼。
得到通报的洪秀全，终于下了决心，他下密诏将韦昌辉、石达开，以及丹阳督师燕王秦日纲速回天京，共同诛杀东王杨秀清。
韦昌辉接到诏令，率领三千精兵，火速从江西赶回天京。与此同时，秦日纲也从江西赶回，和韦昌辉会合，密谋行动。
公元1857年7月26日夜，韦昌辉、秦日纲等人马进京。这时候，陈承容奉天王密诏已经带来一批人马在城内接应。虽然守卫天京的是东王的直属军队，但陈承容是东王的心腹，韦、秦二人又有天王的诏旨，因此没人起疑，也无人阻拦。韦、秦的人马很快控制了城内的重要地带，并领重兵将东王府四周的街道包围。这时已是凌晨，可怜的东王杨秀清太大意了，此时他还在梦中，即便不在梦中，杀局已定，他也无法幸免一死。
韦昌辉一声令下，兵士杀入东王府，将东王府变成一片血海，然而，这场残酷的杀戮才仅仅是个开头。
杀戮行动一开始，韦昌辉就有自己的想法，他对东王仇怨太深，非要对其斩草除根后才快；还有一点很重要，他要获得更大的权力，势必就得将天京城内东王部属和将士全部消灭。于是，他假传了一条天王诏令——由于他和秦日纲滥杀东王亲属，天王杖责他们四百，并要东王部下前来监督。
东王的部下来了五千多人，亲眼看着韦昌辉被杖打。这些前来观看的将士都是缴了武器看现场直播的。眼见杖打是真，韦昌辉和秦日纲又极为顺从，将士也就没有任何警惕。此时，早已武装到牙齿的韦昌辉部军队突然开始了围攻和屠杀，把五千将士全部屠杀。紧接着，韦昌辉下令，对天京城内与东王有关的其他人员进行屠杀，不分文武、男女老幼，包括婴儿也不放过。
