徐树铮说：“你不是东奔西走到处与我们作对吗？这回你和阎王主和去吧！”接着枪声响起，陆建章踉跄两步倒在地上，咽气前说道：“没想到这样死去！”徐树铮从后花园出来，对在场的人，包括陆建章的随从说：“陆建章犯了煽惑罪，已被就地正法，大家不要慌，该干什么，干什么去。”
段祺瑞得到徐树铮枪杀陆建章的消息后，即命人按照徐给国务院和陆军部的电报内容写了一道命令报给总统府：
前据张怀芝、倪嗣冲、陈树藩、卢永祥等先后报称，陆建章迭在安徽、陕西等处勾结乱党，当由国务院电饬拿办。兹据国务总理转呈，据奉军副司令徐树铮电称，陆建章由沪到津，复来营煽惑，当经拿获枪决等语。陆建章身为军官，竟敢到处煽惑军队，勾结土匪，按照惩治盗匪惯例，均应立即正法。现既拿获枪决，着即褫夺军职、勋位、勋章，以昭法典。
当国务院秘书方枢拿这道命令让冯国璋盖印时，冯拒绝盖印。段祺瑞即派人对冯国璋软硬兼施进行疏通。冯考虑陆建章已死，自己要与段硬顶下去，恐怕也没好下场，只得盖印，将令发出。
受杀陆建章影响最大的当数冯玉祥。陆建章任第6镇协统时，冯玉祥在其手下当兵，因冯肯吃苦，作风朴实，作战勇敢，得到陆的好感，陆将内侄女嫁给冯玉祥，并逐步将冯提拔起来。冯玉祥发动滦州起义失败被捕，由于陆建章极力奔走营救，方幸免于难。陆建章任陕西督军时，冯玉祥也率部入陕，并由团长提升为旅长。
袁世凯称帝时，曾派冯玉祥入川与护国军作战，冯玉祥因反对袁称帝，不但不肯作战，反而两次派人与蔡锷联系，表示响应护国军，蔡锷让冯劝四川督军陈宦宣布独立，冯玉祥按蔡的意思对陈宦做了不少工作，终于使陈宦与袁世凯决裂。徐树铮虽然也是反袁称帝的，但他只支持段祺瑞，徐认为冯玉祥毕竟属于北洋系统，不应与护国军站到一起，从而觉得冯玉祥不可靠。
1916年秋天，冯玉祥所部第16混成旅驻地廊坊，任陆军部次长的徐树铮因对冯有看法，就在军饷等事上加以刁难。他对冯玉祥说：“焕章，现在财政困难，你们旅兵员又多，实在没法发饷，把你们的兵员裁掉一些。你看如何？”冯玉祥当然不能同意。徐树铮又提出要将冯旅的一个团调往甘肃。这种分散的方法当然意在削弱冯玉祥的实力，冯也不同意。这一下，把徐树铮惹火了，干脆下令免去了冯玉祥的旅长职务，以与“安福系”关系密切的，曾任过该旅一个团长的杨桂堂代替。
免掉旅长这样大的官，需先征得段祺瑞的同意，徐在气头上说免就免，段也未过多责备，更不用说处分了。段祺瑞为安慰冯玉祥，将其改派为直隶南路巡防统领。该官职管辖的巡防营皆是老弱残兵，武器破旧落后，纪律松弛，无法与北洋军的精兵强将相比，这对名将冯玉祥是一种贬低，冯对徐树铮由此心怀怨恨。
张勋复辟时，因用兵的需要，杨桂堂带不动16旅，这才经段芝贵(时任“讨逆军”东路军总司令)努力，让冯玉祥重任16旅旅长，归段芝贵节制。以后冯玉祥曾被段祺瑞、徐树铮派往福建与广东军作战，但冯只将部队带到浦口就驻下了，主张和平混一。后在段、徐的严令下由浦口至湖北，到武穴又停了下来，并通电全国主和。冯玉祥的行动气坏了段祺瑞、徐树铮，便将冯撤销职务。但冯玉祥一向待士兵很好，本身又极为俭朴，因而深受部下拥戴。撤职令下，全旅近万名官兵给中央发电，要求“全部枪毙，以谢天下”，搞得段、徐毫无办法；后经曹锟从中斡旋，决定将冯玉祥褫夺陆军中将，准暂留任旅长，归曹锟节制。段、徐与冯玉祥的裂痕已越来越大。徐树铮杀陆建章，自然会想到冯玉祥的强烈不满，为此特意给冯发了一封电报，为自己辩白：
弟与陆君本属旧交，毫无私念，谅为兄所素知。自其近岁以来，行止不正，迭尽忠告之谊，苦口劝诫。去岁亦尝再三托由执事往劝，乃竟执迷不悟，以至于此。明为国法所不许，幽亦为鬼神所难容，非个人有嫌怨也。身后之事，自当悉力筹维，期无艰苦，借全私交，并副诿垂，祈纾远注。
为进一步安抚冯玉祥，徐树铮说服段祺瑞撤销冯玉祥不服从命令，在援湘时于武穴停进而被革职留任的处分，恢复其第16混成旅旅长职务，兼任湘西镇守使，授以勋四位。段祺瑞听说此事后不禁十分惊讶，他说：“又铮闯的祸太大了，郎斋(陆字)千错万错，毕竟是北洋袍泽，他怎能如此乱开杀戒？”还赠给陆建章家5000元，以示抚慰。但人已被杀，这些银钱能起多大化解作用？
一个堂堂的陆军上将，北洋军阀的前辈无辜被杀，使得一些同僚大有兔死狐悲之感。直系将领李纯、王占元、陈光远等给北京政府的电报中表示强烈不满，认为陆建章未经审判即遭杀害，会使军官们觉得自己在为保卫国家流血，而自家性命却难以得到保障，从而大大地影响军心。由于这些将领是主和派，徐树铮便补发了一个通电，捏造陆建章在天津与其谈话时大骂总统和曹督军，因此死有余辜，并非主和主战两派斗争的结果。
张作霖也表示不满，因为杀死陆建章时徐树铮还是奉军的副司令，这样的大事竟然未与他这位奉军的主宰者大帅商量，既未将其放在眼里，胆大妄为，而且损害了奉军的声誉，不能不予惩处。
正在充分利用这一事件大做文章的是上海方面想打倒段祺瑞的军阀政客，他们借此大造舆论，蛊惑人心，搞得人人自危。徐树铮在给张敬尧、倪嗣冲的电文中就证实了这种情况。电文说在上海的反段政客孙少侯、李征五、孙洪伊等于6月17日秘密开会，设法煽动陆建章旧部附和独立的西南各省，共同反对北京政府，并已派员赴湖南、安徽等省活动。
量小非君子，无毒不丈夫。徐树铮在杀掉陆建章后，并未息手，在他看来，要除的政敌必须不惜用各种手段除掉。1920年的直皖战争爆发前夕，张作霖到北京进行调停，张实际上是支持直系的，且手握重兵，他的倾向性对战争的胜负有重大影响，徐树铮认为必须设法剪除张作霖。张如果能被干掉，奉系必群龙无首，内部甚至可能生变，那对皖军是十分有利的，于是他又秘密策划了暗杀张作霖的计划。
7月5日，徐树铮去拜访了张作霖，装出十分亲热的样子，与张谈了一个多小时，并以段祺瑞的名义，请张作霖于7月8日到段祺瑞的住所团河列席讨伐直系的军事会议，准备到时借机将张作霖杀掉。张不知是计，应邀赴会。徐树铮的计划因考虑到张作霖不一定与会而未和段祺瑞商议，这回张作霖来了，下手之前不能不与段祺瑞商量，于是徐树铮找了一个借口将段祺瑞叫出来，告诉他想杀张作霖的计划。段祺瑞想到张作霖是实力人物，在直皖交战的关键时刻杀张作霖极有可能使奉军为张复仇而参战，那将对皖系产生灾难性的后果，因而反对徐树铮的计划。段祺瑞归座后，狡猾的张作霖已从段的脸色上看出有些不正常，立即想到陆建章被杀之事，意识到处境危险，便找了一个借口溜走了。张作霖走后，徐树铮连连顿足叹息：大势去矣！
一计不成，徐树铮又生一计。他秘密派人携巨款到东北收买土匪作乱，扰乱奉天治安，借以牵扯住张作霖，但携款的姚步瀛等13人在活动时被张作霖的部下捕获，张大为恼怒，决心出兵支援直系，徐树铮落得个鸡飞蛋打。还不止此，徐树铮谋杀张作霖不成，自己反倒被冯玉祥所谋杀。
徐树铮从国外考察归来之时，京津地区正被冯玉祥的部队所控制。张作霖也刚刚打败反叛的郭松龄，气焰正盛。段祺瑞看到目前局势对徐树铮十分不利，便劝徐赶快离京，徐也决定快走。
1925年12月29日下午5时，执政府内务总长龚心湛置酒为徐树铮饯行，冯玉祥的亲信鹿钟麟出席作陪。席间，鹿频频与徐树铮碰杯，又说又笑地表现得很热情，这种不正常的态度令徐树铮有些不安，但也没想更多。
有人劝告徐树铮，冯玉祥是不会放过你的。如坐火车，廊坊一带由冯玉祥部队张之江驻守，十分危险，最好是借乘英国使馆汽车到天津，这样才会安全一些。但徐树铮不以为然。他回答说，北京被仇敌控制，随时可以将我置于死地。回国后我已经在北京待了7天而安然无恙，这是因为他们不敢在光天化日之下暴露其凶残的面目。我如果躲躲藏藏，反倒是中了他们的奸计。况且我的专车已经准备妥当，我现在还是专使的身份，冯玉祥就是想报复，也不能动手，我想不会发生意外。
