1987年10月25日，中国共产党第十三次全国代表大会在北京人民大会堂开幕。陈云以大会主席团常务委员会成员身份走上主席台……大会的主题报告是《沿着有中国特色的社会主义道路前进》。为了这个报告的起草、修改和定稿，陈云和邓小平、李先念等老一辈革命家花费了大量心血。后来，当代表中共中央作这个报告的中央负责人犯了政治错误时，有人对这个报告也提出一些不同意见。对此，陈云和邓小平、李先念都主张：这个报告，不是哪一个人的，它代表了中央的集体智慧。
十三大结束后，陈云和邓小平、李先念一起，退出了中央工作的第一线。由于还不能“全退”，陈云参加了中央顾问委员会的工作。
11月2日，已退出中央委员会的陈云，列席了中共十三届一中全会。会议选举产生了新的中央领导集体。全会决定邓小平任中央军事委员会主席；批准陈云为中央顾问委员会主任。中共中央最高领导层，顺利实现了新老交替。
