李宗仁即认为，抗战时期军事指挥系统的最大缺点，即为蒋介石的越级亲自指挥。他常在统帅部中，直接指挥前方的作战。抗战时他常直接指挥最前线的师长，内战时期甚至直接指挥至团长。（注：李宗仁：《李宗仁回忆录》，香港，南粤出版社1986年版，第549页。）指挥的方法为直接打电话或电报，故往往中央主管军令和作战的部门以及战区司令长官、集团军总司令、军长均一无所知，事后方由侍从室主任通知军令部。（注：王正元：《为蒋介石接电话十二年见闻》，《江苏文史资料》第36辑，1991年，第30页。）使得中央作战部门和前线高级指挥官严重脱节，小则引起误会，大则误事。例如1937年在晋北进行的忻口会战前夕，归第二战区司令长官阎锡山管辖、驻扎于万寿山的部队在作调防时，由阎锡山“转下之命令早发迟到”，而第一战区司令长官蒋介石“径下之命令迟发早到”，使得该部队不知所措，几乎错移位置。（注：徐永昌：《徐永昌日记》，台北，中研院近代史研究所1971年版，第115—164页。）内战末期担任青岛绥靖区司令官的刘安祺即曾表示，除了阎锡山外，“其它像广州的几个人，台湾的几个人，还有国防部，都要指挥我，所以我要伺候三、四个婆婆。但对我而言，地位最高的婆婆还是老先生(指蒋)。”“戡乱末期从东北战场到青岛撤退，老先生都是直接和我通电话，必要时派飞机把我接到他那儿去，即使下野回到溪口也是如此。”（注：张玉法、陈存恭访问，黄铭明纪录：《刘安祺先生访问纪录》，台北，中研院近代史研究所1991年版，第96页。）如陈诚、薛岳之类的将领们对于蒋直接调动他们的部队，虽然心存不满，但是尚不敢非议（注：王正元：《为蒋介石接电话十二年见闻》，《江苏文史资料》第36辑，第30—31页。），第一次缅甸战役时，蒋介石派史迪威(GeneralJosephStilwell)为总指挥，又直接指挥杜聿明和罗卓英，则使得史迪威动怒。（注：黄仁宇：《张学良、孙立人和大历史》，《地北天南叙古今》，第121页。）蒋介石除了越级指挥，决策又往往一夕数变，经常是尚未考虑成熟即下达命令，等到军队调动到一半，他忽然又改变主意，更动自己刚下达不久的命令，弄得上下无所适从。究其原因，李宗仁以为是蒋未作过中、下级军官，缺乏战场上的实际经验所致（注：《李宗仁回忆录》，第549页。），徐永昌则以为是蒋“用兵不慎深思，且与僚佐声气不一，所以军队百苦于更调之烦”（注：《徐永昌日记》，第135页。）。
针对各方的批评，蒋介石也有所解释。对于手令过多使得各军政首长只知应付手令的质疑，蒋表示其实并没有那么多手令，有时想到的意见交给各首长参考则有之，正式的手令甚少。（注：《唐纵失落在大陆的日记》，第289—290页。）其次，蒋指出他只有在部属的能力不足时，才会越级指挥。1942年6月，他曾向史迪威抱怨军中将领的无能：
在晚上，我必须醒着躺在床上，想他们可能会作些什么愚蠢的事，然后写下来并且告诉他们不要作这些事情。但是他们实在太笨了，除非你凡事先替他们想好，否则他们就会作许多蠢事。这就是带他们的秘诀——你必须先想到他们所可能会作的一切错事，然后预先警告他们。（注：TheodoreH.White(ed.)，TheStilwellPapers(NewYork：SchockenBooks，1948)，p.125.）至于将领如何无能，蒋曾在同年一篇名为《抗战形势之综合检讨》的演讲中指出，对日会战任务不能达成，并非全是由于装备不良，指挥官自行破坏会战秩序，使指挥系统紊乱，致任务不能达成者，也所在多有。原因在于实战时有少数指挥官于接受上级命令时，不能依据上级企图、所负任务及当前状况，下达自己的命令，仅照例承转，因而不适时机、不合状况，使得下级无所适从。
