1932年10月随张国焘、陈昌浩、徐向前入川，参加创建川陕直至豫鄂皖革命根据地，任中国工农红军第四方面军第十二师副师长、师长，与任其他师师长的王宏坤、倪志亮、王树声以及师政治委员李先念一起成为红四方面军（下辖4个师，约15000人）的主要军事骨干。
1933年6月，红4方面军军事会议作出了将师扩编为军的决议，将红4方面军下辖之第12师连同巴中地区的地方武装合编为中国工农红军第9军，何畏任军长，政委詹才芳，副军长许世友。之后，参加了鄂豫皖革命根据地反“围剿”斗争，西征转战，川陕革命根据地反三路围攻、反六路围攻；参与组织或组织领导了许多重大战役。其时，率部进入川西的理县，并在那里建立了革命根据地。
1935年5月下旬，为接应渡过金沙江的中央红军北上，何畏临危受命，任懋功支队司令员兼政委，亲率25师、27师各一部，沿岷江流域星夜兼程，攻占懋功，前锋推进至懋功东南的达维镇。6月12日，何畏红9军下属的25师和27师在夹金山下的达维镇迎接到了翻越夹金山的中央红军，实现了红军两支主力军团胜利会师。这次历史性会师，史称“懋功会师”。
长征途中，何畏兼任中华苏维埃西北革命军事委员会中国工农红军大学政治委员，中共中央候补委员，中国工农红军大学、中国工农红军第四方面军红军大学政治委员。到达延安后，任抗日大学副校长。
从一名热血归侨青年成长成为红军的显要将领，何畏经历了血与火的砺炼，经受了生与死的严峻考验。他，信念坚定，足智多谋，善于用兵，打了不少硬仗恶仗，为红四方面军赢得战争的胜利以及革命根据地的生存和发展立下了汗马功劳，发挥了重要影响和作用，做出了积极贡献。在红四方面军将领中享有很高的声誉，被称之为军中“小诸葛”。他，作战勇猛，靠前指挥，且率先垂范，屡立战功，曾荣获中华苏维埃共和国中革军委颁发的一等红星奖章。
