就这样，亲密合作了13年的刘邓终于分开了。
陆大原定设在北京。刘伯承考虑为节省财力，建议充分利用原国民党陆军大学的校舍，遂定址于南京，正式名称为南京军事学院。
经过半年筹备，学院正式开学，首批758名学员绝大多数都是师级以上年轻干部。
这些将领都是令敌军闻名丧胆的英雄、功臣。可俗话说的好，即便是雄狮，身上也会有虱子。他们大多出身农民，又长期生活在游击环境里，自由惯了，散漫惯了，不拘小节惯了。于是，各种奇怪的现象都出来了，有的学员无故不出操、不上课，想来就来，想走就走；有的学员上课时翘二郎腿，回答老师的提问懒得起来；有的学员开会时不注意军纪，敞胸露怀，双手在身上搓泥搔痒，更有甚者，有的索性把脚放在椅子上，脱掉鞋子，用手抠脚丫子。
南京军事学院学生自由散漫的名声一直传到北京。毛泽东十分生气，提出："游击队不可冒‘油‘，野战军不可撒‘野‘"。刘伯承决定整肃校风。他在全院师生大会上说："有的人自由主义，违犯纪律，国防部、毛主席都知道了，真是‘搞臭了南北二京‘，这叫着‘光着腚推磨盘--转着圈丢人‘"。刘伯承要求从基本科目做起，颁布实行我军三大条令--《内务条令》、《队列条令》、《纪律条令》，很快使学院的风气焕然一新。在此后的5年间，刘伯承主持编写、编译和翻译军事、政治、外语等各类教材数百种，从陆、海、空三军到炮兵、工程兵、通讯兵、装甲兵等技术兵种专业，从战略、战役、战术的现编概则到集团军、军、师、团、营的设定作业，应有尽有。学院也由初办时的4个系发展到12个系，学员人数由758人增加到3000余人。南京军事学院成为人民解放军名副其实的最高学府和将军的摇篮。
可就在这时，一股反“教条主义”的运动突然降临。
1957年2月，当时担任国防部长的彭德怀与陈赓、谭政到南京军事学院检查工作。在座谈中，有部分教员、学员提出学院存在“教条主义”问题。经过调查，彭德怀认为在教学中，不是有没有“教条主义”的问题，而是“教条主义”十分严重的问题，主要表现就是现在的教学内容与我军的实际情况不相适应，没有对我军的几十年的战争经验进行系统整理和总结，提出反对“教条主义”。军事学院领导认为彭德怀的结论不符合实际情况，军事学院的成绩是主要的。在全军训总四级干部会议上，许多干部要求彭德怀收回他视察军事学院后给中央的报告。
