1755年乾隆趁准葛尔汗国内讧，出动满蒙八旗50000人分两路进攻伊犁，由于准葛尔内部矛盾严重，没能组织起有效抵抗，清军很快就占领了伊犁，准葛尔汗国灭亡。按说准葛尔汗国灭亡也就灭亡了，但另人不解的是准葛尔人也全部灭绝了。
对于准葛尔人的灭绝，国内史学家都轻描淡写，将原因归结为当时流行病——天花，但这个理由很牵强，天花的确造成当时人口大规模死亡，但对各个民族/国家的总人口来说死亡的都是一小部分，而准葛尔的临近几个部落如回鹘、哈萨克、喀尔喀蒙古等都没有因天花造成人口大规模死亡的记载。
准葛尔作为卫拉特蒙古中最大的一支，一直人丁兴旺，史学家估计当时准葛尔的总人口在90万左右（如今新疆第一大族维吾尔族在当时不过20万，而且是做为准葛尔的奴仆存在），准葛尔汗国灭亡后，国内外的史料中都没有准葛尔人融入其他民族的记载。而（清高宗实录）和（平定准葛尔方略）有几段文字：必应全行剿灭，不得更留余孽；此等贼人，断不宜稍示姑息；等等……再联想到噶尔丹死后清朝费尽心机得到他的尸骨后对其挫骨扬灰，就看出来清朝对整个准葛尔有多恨了，唯一可信的解释就是大清对准葛尔人进行了灭绝性屠杀……
从1755年准葛尔灭亡到1771年土尔扈特部东归前，在16年时间里准葛尔人消失了，昔日汗国的王庭——伊犁成了无人区，仅仅有在那驻扎的几千清军。汗国的西部被清庭赏给了哈萨克人（恨啊）。在得知准葛尔人灭亡以后，土尔扈特部东归占据了天山以北的准葛尔故地，准葛尔汗国和准葛尔人彻底从历史上消失了，仅仅留下了准葛尔盆地的这个地名。
