（清代西洋画中的刑罚）
后在明朝嘉靖年间，有御史周时亮、胡宗宪感于充军之苦，分别请求嘉靖皇帝同意用银两赎减充军的刑罚，但却被朱厚熜一句“岂可预设此例，以待犯罪之人”，冷冷的挡了回去。等到万历二年的时候，给事中严中和进言，请求皇帝将永远充军免去，但万历皇帝“皆不准”，一直到最后，才下令已经绝户的充军人犯，可以不必再抓捕其乡人来填充。本来作为流放补充刑法的充军是次于死刑的惩罚，可结果却成了祸及家人的恶事，而且充军之人前往卫所的衣装、资费全部由家人负责，甚至在明朝亡国之后，清朝统计户籍的时候，这些永远充军的后代依然存在，“刑惨莫过于此者”。
到了清代之后流放与充军也渐渐融合为一体，而且由于西北和辽东的统一，清代流放与发配的地点也变得更多了，但也正是因为地点多，所以管理制度也很混乱。乾隆八年，刑部编辑了“三流道里表”用以按照里数和地点安排流放去向，到乾隆三十八年，兵部又为充军编辑了“五军道里表”，“凡发配者，视表所列”，所去地域也变成了尚阳堡、宁古塔、齐齐哈尔、黑龙江、乌鲁木齐、巴里坤等地。而为了区别明朝，清代也将充军流放的罪责只限于罪犯自身，不再祸及家人、邻里。
（清代五军道里表）
1900年后，清朝国家体制与时局都发生了巨变，所以当时的清政府也在追求新政，而刑法就是其中重要的一项。光绪二十八年山西巡抚赵尔巽上书皇帝，请求在各省分别设立罪犯习艺所，这样一来就可以将犯人圈进看管起来，还可以产生劳动价值。经过刑部审核之后，这项建议得到了实施，并规定此后流放与充军者，不必前往军前效力，可在发配地习艺所做工，流放两千里者工作六年，两千五百里者工作八年，三千里者十年。紧接着又规定凡是流放与充军期满者，释放之后听其自谋生计，并且可以在当地转入民籍，自此之后流放、充军的人数锐减。
（清代西洋画中的刑罚）
到了光绪二十九年，刑部奏准将充军从刑律中删去，并且将流放改为了安置习艺所学艺。此后又经过张之洞、刘坤一等人所奏“恤刑狱”的折子和西方法律的传入，逐渐将五刑中的笞杖改为罚银，徒流也变成了习艺所安置，就连死刑中的斩立决和斩监侯也改为了绞刑，就在举国的刑法体系开始巨变的时候，宣统三年到了，一切功绩化为乌有，流放与充军这对古代刑法中的将亲族家人一网打尽的怪物也从此彻底消失了。
