建文帝在位五年，朱棣入京后，一说烧死，一说外逃为僧，一说出国。成为一个悬而未解的谜。
大明朝建文帝可以说是古代唯一一位离奇失踪的皇帝。朱元璋死后，传位给孙子朱允文，是为建文帝，其在位期间，不断改变朱元璋时期的苛政，以仁义治理天下，注重与民休息。但是，其推行的削藩政策却激起了朱棣的反抗，朱棣以800府兵起事，一路势如破竹，直到攻占南京，成为史上第一位造反成功的在职王爷!而建文帝在城破后，也不知去向。
因为皇宫的大火，混乱并没有留下建文帝的尸体，《太宗实录》所记的建文帝自焚事，就有很多人持怀疑的态度。由于永乐朝的政治高压、文网严密，对建文帝出亡之事没有留下记载。天顺、正德朝之后，严峻的政治环境有所好转，关于建文帝出亡说的史料开始多起来。我们发现，越是早的史料越是含糊，越是晚的史料越是具体。万历二年十月，13岁的神宗曾向张居正问及建文帝下落一事，张居正回答：“国史不载此事，但先朝故者相传，言建文皇帝当靖难师入城，即削发披缁，从间道走出，后云游四方，人无知者。”可见首辅张居正也倾向于建文帝出亡之说。值得注意的是，民间传闻已经入天子耳中，而且这时谈论建文帝出亡已经不再是禁忌话题。关于建文帝出亡一事，谷应泰《明史纪事本末》中的记载最具有代表性。他认为建文帝并未自焚，而是在大臣的保护下由密道逃出南京。至于逃到何方，说法不一，很多都说建文帝逃到了南洋，为此朱棣不惜七次派郑和下西洋寻找，而也有说其一直在云贵地区，隐姓埋名做了和尚。反正也是不知去向，迷雾重重!
朱棣称帝后，派郑和下西洋，其动机之一是搜寻建文帝的下落。
1999年，有人认为中国贵州省的红崖天书是建文帝在靖难之役后逃到贵州所作的声讨燕王朱棣的檄文，间接支持建文帝并未死在宫中的说法。2006年6月，有学者发现怀疑是建文帝的踪迹。新华网引述江西省学者官涛称，建文帝在“靖难之变”后与随从在江西三清山隐居，并化名为“詹碧云”的全真道人，死后葬于其兴建的三清宫内。2007年1月，印尼传媒报道，发现一群洪姓的华人，长期居于苏门达腊岛的一条偏僻小村落，依然保持古老浓厚的华人习俗，并有不少有明太祖朱元璋图案和字样的玉镯出售，由此推断他们可能是明惠帝的后人。
