军事法庭在１２月才秘密开庭审讯。到场的除法官外，只有被告德雷福斯及其辩护律师，警察署长和陆军部队的观察员皮卡多少校等四人。
在法庭上，德雷福斯提出充分理由为自己辩护，证明他对信上的情报毫不知情，根本没有条件作案。
接着，辩护律师也列举大量根据，来证明德雷福斯无罪。法官看到没有什么结果，便宣布休庭。来日再审。
陆军部长派去的观察员皮卡尔上校是个正直的军官，他如实的向部长作出汇报，同时也指出，此案很难成立。
亨利少校得知消息后，急得跳了出来，亲自上法庭指证德雷福斯，并以军官的名誉宣誓作证。而陆军部长为维护自己的尊严，故意编造一份“密档”，把过去几起未破获的窃密事件，统统加在德雷福斯头上，还塞进一份篡改编造的“罪证”材料。
就这样，法庭终于认定德雷福斯有罪，判处他无期徒刑，革除军职，流放到“魔鬼岛”。
事件发生后，德雷福斯的亲属四处为他奔走，在进步律师、记者和作家的帮助下，他的兄弟在法国《震旦报》上把这一冤案公布于世。顿时，舆论大哗，正义人士纷纷呼吁，撤销对德雷福斯的错误判决。
就在这时，在从德大使馆收集到的废纸中，发现了德国大使给法国军官艾斯特拉齐少校的一封信的草稿。并很快转到继任反间谍处处长的皮卡尔中校手里。
皮卡尔立即警觉起来，着手对艾斯特拉齐的调查。在调查中，他发现艾斯特拉齐与德国武官的关系可疑，尤其意外地发现艾斯特拉齐的笔迹和那封被认为是德雷福斯写的告密信的字迹完全相同。
皮卡尔将这一重大发现向副总参谋长作了汇报，并请求重新审理此案。
但副总参谋长唯恐军队荣誉受到损害，拒不逮捕艾斯特拉齐。皮卡尔一再向上级陈述利弊得失，劝说及时修正错案。一下子惹怒了那些达官贵人，他于１８９６年１２月被远调到当时法国殖民地突尼斯南部作战。
亨利少校为了定实德雷福斯的罪名，便伪造信件塞进“密档”，甚至伪造德雷福斯致德皇的信件和德皇致德雷福斯的复信，以此证实德雷福斯就是德国间谍。
于是，反动沙文主义者气焰更加嚣张。１８９７年１２月１７日，陆军部长宣布对德雷福斯的判决“公正无误”，内阁总理也同时宣布：“德雷福斯案件没有问题。”
与此同时，德雷福斯的亲属和朋友们，一直没有停止对此案的控诉。他们曾写信给德皇威廉二世，请求他证明德国没有收到德雷福斯提供的任何情报和书信。而德国对法国由于此案闹出的混乱暗自高兴，当然不会为他作证。
在这种情况，德雷福斯的亲属又复制了大量告密信的照片，四处张贴在街头，指望有人能认出真正的作案者。
不久，一位银行家便找到德雷福斯家，声称告密信的笔迹和他一个顾客的笔迹一样，这个顾客就是艾斯特拉齐。德雷福斯全家非常高兴，认为这次总算找到有力的证据。于是，就向法庭控告了艾斯特拉齐。
