在野时的霍梅尼宣称支持世界人权宣言，“我们冀望遵从世界人权宣言，我们要自由和独立”。不过霍梅尼在当权后对异见者采取强硬态度，并警告神权政治的反对派：“我再说一次，不要再举行会议、胡说一通和示威抗议，否则我会打掉你们的牙齿。”
在革命发生前，左翼的知识份子和活跃份子都认为霍梅尼的政治和宗教理念是稳定和进步的。不过在霍梅尼当权以后，他的理念不时与现代主义者和非宗教的伊朗知识份子相冲。这种冲突在制宪期间白热化，许多报社都被政府关闭。霍梅尼愤怒地告诉知识份子：
“没错，我们是反动分子，而你们是受到启蒙的知识分子，你们不会想把我们带到1400年前的。你们渴望自由、一切事物的自主及结社自由，然而那些自由会腐化我们的年轻人，那些自由也为暴君铺路，把我们的民族推向万丈深渊。”
与霍梅尼疏离知识份子及“远离其他伊斯兰运动”相比，他更乐意与第三世界国家打交道，把它的地位“置于其穆斯林兄弟之上”。自霍梅尼一派当权至霍梅尼逝世期间，伊朗的媒体“集中报道非穆斯林的革命运动（如桑地诺民族解放阵线、非洲人国民大会及爱尔兰共和军），贬低保守伊斯兰运动的角色，如阿富汗圣战者”。
霍梅尼对伊斯兰共和国经济的遗物大抵是“财产剥夺”（mustazafin），在1990年代，被剥夺财产的民众和伤残的退伍军人多次发起骚乱，抗议食品价格上涨和贫民窟的拆除。霍梅尼对经济的藐视被指为后来的伊朗总统艾哈迈迪·内贾德的再分配政策借镜，据称他把“对经济正统的蔑视视为荣誉”，漠视迟滞的经济增长、攀升的通胀和高失业率。
1963年，阿亚图拉鲁霍拉·霍梅尼在著作当中声言对于变性人的变性手术没有任何宗教上的限制，当时霍梅尼仍是激进的反沙阿革命份子，他的法令对沙阿政府没有影响力，沙阿政府对变性也没有明确的政策。
1989年1月1日，霍梅尼写信给当时的苏联领导人戈尔巴乔夫，指出解决共产主义问题的方法并不在于资本主义：“如果您想在此关键时刻用投靠西方资本主义阵营的办法解决社会主义共产主义经济方面的棘手问题，不仅不能医治自己社会的病痛，而且需要他人来纠正您的错误；因为今天如果说马克思主义在经济和社会方法上已隐入僵局的话，那么西方世界在此问题上当然是以另外形式以及在其他问题上也已陷入灾难...因为其理论是唯物主义，用唯物主义不能把人类从不信仰理性的危机中解救出来，这是东西方人类社会最根本的病痛。”他又说：“理性的东西也在科学范畴之内，尽管感觉不到它...科学的实质就是超越物质的存在；任何思想都超越物质，不受物质法则左右。”
