极具讽刺意味的是，船税金资助下实力大增的英国海军，在内战中站在了议会一边，将试图支援查理一世的法国军队挡在海外。议会控制的陆军在克伦威尔将军的卓越领导下，战胜国王军队及其支持者。1649年查理一世被送上断头台，英国进入共和政府时期。
克伦威尔（1599-1658年）
支持共和政府的英国商人阶层，对长期遭荷兰排挤极为不满，要求政府保护英国海上贸易和殖民地利益。由于处死了国王，共和政府被欧洲各君主国视作洪水猛兽。雪上加霜的是，1648年三十年战争结束，疲惫不堪、国力衰竭的西班牙与荷兰签订合约，原本由英国享有的市场被荷兰夺走。
内外强烈压力之下，英国政府投入巨资发展海军，每年由议会拨款40万英镑建造舰船。克伦威尔掌权期间，英国新造舰船就有207艘，其中“纳斯比”号吨位达1665吨，再次刷新世界海军纪录。“纳斯比”号拥有八十门重火炮，可在恶劣气候下较好地逆风航行，擅长远程炮战。“纳斯比”号也是后来所有主力战舰的原型，直到蒸汽船出现。不过，英国建造的大多数舰只是所谓的多帆快速战舰，它们体积更小、速度更快、更能经受风浪冲击。正是在这一时期，英国海军实力跃居欧洲首位。
“纳斯比”号战舰
内战中支持议会的海军，到了共和政府高压统治时期，怀念斯图亚特王朝的好处，于是部分舰队追随保皇党逃亡海外。出于对海军军官的不信任，克伦威尔委派他的陆军高级军官担任海军将领，这些 “旱鸭子”正是日后与荷兰海上大战的英国海军统帅。
