甲午战争失败后，清政府将台湾割让给了日本，短短几十年间，日本就把台湾变成了自己在太平洋上的一个重要军事基地，为它后来发动的侵略战争服务。太平洋战争期间，从东南亚输往日本的物资都要经过台湾海峡，所以日本在岛内驻扎了大量的陆、海军部队以保卫这条海上生命线的安全。基于上述理由，盟军方面也把打击驻台日军作为一项刻不容缓的任务，当时驻扎在中国大陆的美国第14航空队也就是人们常说的"飞虎队"承担了这项任务。
由于日本人在台湾盘踞多年，盟军方面无法得知岛内的确切布防情况，只能依靠航空侦察。当时，美国第14航空队下属的第21侦察大队接受了这个任务，事实上，整个东南亚、日本本土都在该大队的侦察范围之内，只不过其中40%的侦察任务都集中在台湾方面。第21侦察大队的主要装备是F-4A和F-5E两种侦察机，它们是P-38"闪电"战斗机的改型，但没有武装。
1942年9月以后，对台湾的侦察继续加强，共执行了600多次任务。为了避免侦察机被日军侦测到，飞行路线大多由湖南衡阳出发，经浙江丽水转场出海，低空飞至台湾以东海面，再升高到1000米的高度进行拍摄，这些侦察十分成功，它使盟军方面掌握了珍贵的资料。
第五大队在赣州、遂川的飞机也像往常一样，经常出动，遂川的飞机先到台湾海峡里巡逻，他们主要的任务，仍然是海上的敌人运补船只，如果碰见日本的兵舰，也不放过，空军的威力，压迫得日本鬼子尝到了被窒息的滋味了，就因为他们经常到海峡里去巡逻，P-38只身侦察机，也自然在这一带侦察，他们发现新竹机场，已成为在台湾的日本空军主要基地，于是一项和攻击海南岛一样的雄心计划实现了。
日本空军基地也在侦察范围内，以新竹和台南基地为主，根据这些资料，从1943年夏天开始中、美空军开始联合拟定空袭台湾的作战计划。
当时，备选的空袭目标有3个，分别是高雄港、台南空军基地和新竹空军基地。由于高雄是日本在台湾的重要港口，又邻近于寿山和高雄警备府，要塞防空火力强大，因此空袭难度较大。台南则是日本南进战略的重要基地，糖厂与工业设施林立，所以基地内驻守的都是日本海军台南航空队的新锐零式战斗机，如果中、美空军盲目轰炸，可能会遭到惨重损失。于是，没有拦截防空力量，高射火力弱的新竹日本海军航空队基地就成了空袭的首选目标。
