8月27日，作为幕后支持者的英帝国主义眼看商团阴谋不能得逞，终于赤膊上阵，以沙面各国领事团的名义向广东省长廖仲恺发出警告，声称如果革命政府炮击“商民”，各国决不会“袖手旁观”。28日，九艘英舰集中在白鹅潭江面示威，炮口直指中国军舰及大元帅府，向广东革命政府进行战争讹诈。29日，英国驻广州总领事翟比南致函大元帅府，蛮横地宣称“奉香港舰队司令之命，如遇中国当道有向城市开火时，英国海军即以全力对付之”。
面对英帝国主义的战争恫吓，孙中山毫不示弱，9月1日，发出了《为商团事件对外宣言》和《致英国麦克唐纳尔政府抗议电》。《宣言》严厉谴责英国工党政府支持商团叛乱的丑行，严正宣布：“扫除完成革命历史任务的主要障碍——帝国主义对中国的干涉，以此为其议事日程的时期已经到来。”在抗议电中，孙中山以极大的义愤表示：“对于帝国主义干涉中国内政的这一最新行动我不得不提出最强烈的抗议”。
但是，在处理商团问题的过程中，孙中山却受到革命政权内部的制肘。国民党内部中间势力的动摇和右派力量的破坏，给孙中山制造了很多困难。首先是滇军将领范石生、廖行超和粤军将领李福林，暗中都与商团勾结，对孙中山的决定总是阳奉阴违，从而在内部削弱了同商团斗争的力量。范、廖二人还大耍两面派手段，打着“调停”的旗号，于8月29日私下同商团达成了所谓六项条件。内容是：“1.陈廉伯、陈恭受通电拥护大元帅，服从政府，政府即下取消通缉令，并发还封产；2.范军长、廖师长担任向大元帅将商团所购军械子弹照军政部护照数目发还；3·省团联防改组，应受省长节制，其细则则须于七日内公布，但呈请立案，有不完备被驳之点，由范军长、廖师长出面主持公道，要求立案；4.各商店应须一律29日复业，军队于商店复业后，立即解严，其在扣械风潮发生后回省部队，一律请帅令各回本防；5.商团报效军费50万元，于领械时缴纳；6.如联防总部具呈，七日内未能立案，由范军长、廖师长担任于七日内将全部械弹点交商团公所收领”。这六条名为和平解决，实质要政府向商团屈服。这样的条件，竟然得到汪精卫、伍朝枢的赞同。
当范、廖二人企图强迫孙中山同意上述六条条件时，受到孙中山的严厉批评。但由于国民党右派和一些中间力量都力主与商团妥协，孙中山在他们的包围下，同意了采取调和办法。于是商团以报效50万元军费的代价，获得政府答应同意成立联防总部、发还所扣军械和取消对陈廉伯、陈恭受的通缉令。8月30日各城镇商店恢复营业，局势表面上得到缓和。但商团仇视革命政府之心未息，暗中酝酿着更大的阴谋。
