农民协会成立后，农民反抗封建压迫的斗争进入一个新的阶段。在农民协会领导下，农民群众与地主阶级展开了斗争。广宁县农会根据广大农民的强烈要求，决定在成立农会的地方减租“四成”，发布了《减租宣言》和《给田主的一封信》。广宁地主组织“保产大会”、“业主维持会”与农会对抗，叫嚷“乱世无主，强奴压主，大祸压眉，武力反抗”，“不承认减租，从农会者自误”。11月下旬，地主武装先行向农民协会进攻。广宁农会在彭湃、周其鉴等人的指导下，坚决反击，广东省革命政府派铁甲车队等武装支持农会。经过两个月的斗争，击败了地主武装，迫使地主接受农会提出的“七成交租”，“统一使用农会正斗”、取消“田信鸡”等减租条件。花县农会与地主的斗争更为复杂。农会成立后，土豪劣绅即组织“田主维持会”和“民团总局”，并公开出重金悬赏农会干部的头。当县农会提出实行“二五减租”、取消额外剥削后，花县地主出动民团捣毁了县农会，并杀害农会干部。花县惨案发生后，彭湃前往调查，将地主摧残农会的罪行书面报告广东革命政府。花县农会也派人向政府请愿，要求保护。廖仲恺获悉后，即责令花县县长严惩祸首，并指示拨发一些武器给农会，这才把地主的嚣张气焰打下去。这些情况说明，农民的经济斗争一开始便遇到地主豪绅及其政权的强烈反抗，因而经济斗争迅速发展为政治斗争，直至激烈的武装冲突。
1925年3月，东征军收复海陆丰后，在海丰农民召开的代表大会上，宣布正式恢复县农民协会，选举彭湃为会长。大会决定恢复各地农会，实行“二五减租”。不久又组建了农民自卫军，李劳工任总队长，吴振民、卢德铭任教官。农民运动在海丰如火如荼地展开。随着东征军收复东江，农民运动在东江各县也开展起来。
在国共合作和中共的领导与推动下，广东农民运动发展起来。到1925年5月前“全省有农会组织之县22处，有组织之农民21万以上。”海丰、陆丰、广宁、花县、顺德、东莞、番禺、中山等县建立了县农会。开展农民运动的区域逐渐扩大。在农民运动广泛发展的基础上，1925年5月1日，广东省第一次农民代表大会在广州召开。大会通过了有关农民问题的7个决议案，修改了《农民协会章程》，成立了省农民协会。这次大会，总结了农民运动经验，提出了农民斗争的目标和今后工作方针，把广东农民运动推向高潮。
由于中国共产党人的努力，农民运动也在军阀统治的一些省区兴起。1924年7月，南昌市郊扬子洲农民组建了江西第一个农会。11月，吉安延福一带农民开展减租减息斗争；石安农民也秘密组织农会。这时，湖北的黄梅县建立了农民研究会；广西东兰县韦拔群发动农民筹建农民协会。1925年2月，毛泽东回到家乡韶山，在韶山和银田一带发动农民建立了20多个乡农民协会，并领导农民与地主奸商展开斗争。虽然这些省区的农民运动由于没有政权和武装的支持，此伏彼起，但为尔后农民运动的开展打下了基础。
