中共认为这是蒋介石蓄意制造的一起重大政治阴谋，先指使他人，擅自调动中山舰，制造共产党要造反的假象，然后以此为借口来打击共产党。
而老蒋的说法却是：海军局代理局长、中共党员李之龙矫令中山舰由广州驶回黄埔。是要先在黄埔装足煤，以备临时远航，开回广州也不熄火，戒备极严。我知道共党阴谋的爆发，就在于此。乃于二十日清晨宣布戒严，逮捕李之龙及各军党代表共党分子。“他们的计划，就是要在我从广州省城乘舰回黄埔军校的途中，强迫我离粤，直驶海参威，送往俄国，以消除他们假借国民革命来实行其无产阶级专政的唯一障碍。”
在这两种截然相反的解释中，历史学家杨天石“各打五十大板”，即：双方都没有阴谋调动中山舰，而是黄埔军校驻广州办事处主任欧阳钟下的假命令，目的在于挑拨国共关系，使蒋介石误信了右派的谣言。
挑拨之说，以前就有不少。
包惠僧（中共一大代表、22师党代表）在回忆录中写道：三月二十日事变，完全是王柏龄，陈肇英、陈策、欧阳格、徐桴、吴铁城等阴谋制造出来的。他们一面说：“共产党准备暴动。”一面伪造命令，要中山舰开到黄埔听候调遣，蒋介石在由黄埔回广州的途中，看到中山舰向黄埔开动，就信以为真。
就连当事人汪精卫也这么说：“第一，蒋同志并没有抛弃联俄容共政策，尤其没有抛弃联俄政策的意思。第二，蒋同志以为国民革命是本党的使命，应由本党主持，对于苏俄顾问及共产党人之势力增长，不可不加以裁抑，以免大权旁落。以上两点，是蒋同志当时的根本思想。因为有了这样的根本思想，所以听得关于中山舰之一方面的报告，便有触即发。后来虽然知道这一方面的报告，是不实的，但借此裁抑苏俄顾问及共产党人之势力增长，也未为非策，所以就这样的干下去了。”
然而，在关于当时到底有没有“倒蒋”计划的核心问题上，至今没有令人信服的答案，包惠僧回忆录虽涉及这一问题，但遗憾的是不够明确。他说：“在大革命失败以后，我在上海会着谭平山（笔者注：曾任中共中央政治局委员，武汉政府农民部部长），我们谈到三月二十日事变，谭平山说：在苏俄从关系方面得着一个消息（或是看见一个文件）说计划调蒋介石到海参葳训练两师军队，如果这一说法有点事实根据的话，那就是汪精卫和季山嘉真有这个计划，所以对这个问题在我的思想上始终是一个‘谜’。”
因此，中山舰事件的真相究竟如何，仍有待挖掘。
凭心而论，事件之后，尽管蒋委员在同志们的拥戴下当选为党主席、军委主席，但他当时除了整理党务、收缴工人枪支、命令共产党员退出第一军以外，并没有更多的小动作，被捕的李之龙等人不久都被释放。
