刘备先让在益州城中地位仅次于自己的心腹张飞前去拜访刘巴，表达自己的善意。张飞到了刘巴家里一整天，刘巴都不和张飞说一句话。张飞很郁闷，甚至主动申请晚上留下来和刘巴一起睡觉，联床夜话增进感情，可又遭到刘巴的拒绝。之后，当年的故友诸葛亮写信给刘巴，劝说刘巴也要顾及一点张大将军的脸面，刘巴傲然说：“大丈夫处世，当交四海英雄，如何与兵子共语乎？”刘巴对军人出身的张飞，不屑一顾。
可是，得罪了张飞就等于得罪了刘备，刘备生气的说：“孤欲定天下，而子初专乱之。其欲还北，假道於此，岂欲成孤事邪？”刘备刚入益州，稳定为上，可是刘巴却故意捣乱，破坏和谐的大好氛围，让刘备很没有面子。但是，后来刘备又觉得自己说话太硬了，刘巴肯定不吃这一套，于是刘备转而软语安慰，说：“子初才智绝人，如孤，可任用之，非孤者难独任也。”你刘巴啊，除了在我刘备的手上，谁会重用你这个聪明人呢？
刘巴很厉害，就算是诸葛亮也曾经表示：“运筹策於帷幄之中，吾不如子初远矣！”
于是，在刘备一手威吓，一手软求的双重压力下，刘巴只能选择了从众，归顺了刘备。
在刘备攻打成都的时候，曾经向官兵们表示，一旦攻入成都，财宝随便抢，可等到进入益州之后，物价飞涨，经济几乎要崩溃。刘备自然不能收回成命，那样就是打自己嘴巴了。还是刘巴提了个建议，刘巴建议铸造新钱，可以以一当百，自然可以平抑物价。推行之后，益州的经济果然迅速稳定下来。
刘巴在刘备身边官运还不错，先是担任尚书，等到法正死去之后又接任为尚书令，成为蜀汉中央高级官员，在刘备称帝前后的几乎所有文告、诏令，都是出自刘巴的手笔。
可是，刘巴知道，刘备并非是真正信任自己，虽然自己有才，可是从来没有当自己是心腹。于是刘巴小心翼翼的过着自己的小日子，除了朝廷的公事，从来不和蜀汉官场的其他人来往，除了一些一定要表态的公事，刘巴也从来不随便评论是非，夹着尾巴做人。于是，刘备拥有了爱才的美名，刘巴也得以苟全性命。
