1、清洗农村基层组织
土改工作队下到农村后，首先要做的工作是调查研究，发动群众。
调查研究是为了进一步摸清情况，如各阶级的土地占有情况;敌情动态，群众的组织情况和觉悟程度;农民最迫切的要求;乡村干部的政治历史情况与工作表现，以及群众对他们的反映。土地改革是牵涉到千家万户的群众运动，没有群众的发动，就不可能有成功的群众运动。而明白掌握当地具体情况，则是发动群众的前提。
经过清匪反霸和减租退押运动，总体上说，新解放区的群众已经有相当的发动。农村地主阶级政治上的统治基本上被摧毁，其经济上的剥削已受到很大削弱，但对于各地的具体情况来说，又有所不同。
根据安徽省滁县的调查，新区土改开始前，农村工作情况大致可以分为三种类型：
第一种是工作做的好的村，群众发动比较充分，清匪反霸和减租退押搞得比较彻底，地主阶级在政治上和经济上都受到应有的打击，树立了以贫雇农为领导骨干的农民优势，农民协会比较纯洁，干部作风正派，工作积极，任务容易完成。这种类型的村庄占25%左右。
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第二种是工作一般的村，群众有一定的发动，清匪反霸和减租退押也取得了很大成绩，一般任务能完成，政策也能贯彻，但有些干部带有一种主观习气，生产不积极，工作说得多做得少，作风有些强迫命令，也有一些贪污腐化行为。农民协会中混有不纯分子。这种村居多数。
第三种是工作差的村，群众发动很差，农会成分不纯，很多干部出身兵痞流氓，与封建势力关系密切，立场不稳，甚至欺上瞒下，村政权实际为地主阶级所掌控。这种类型的村庄居少数。
新区农村基层组织的好坏，直接关系到新区土改工作的好坏。原先的基层乡政府和农民协会大都是在清匪反霸和减租退押的基础上产生的，其中的干部经过共产党的教育和运动的锻炼，许多干部是好的，但其间也混有坏分子和阶级异己分子。中共中央曾规定，地主、富农不能参加农会，更不能成为乡村基层组织的干部，但根据苏南区17个县的统计，整顿组织前，在83725名乡干中，地主有26人，占乡干总数的0。03%，富农123人，占0。15%，流氓69人，占0。08%。据松江专区9个县的不完全统计，基层干部中工作积极的占32。31%，一般的占37。18，不起作用的占30。51%。
在四川省垫江县，272个村的农民协会经过减租、退押、清匪、反霸运动的锻炼后，绝大多数的组织和领导成员是好的或比较好的，有的农协委员会几经筛选和调整，基本上是由立场坚定、敢于斗争、思想品质好的贫雇农充任。但是，仍有一部分农协组织，特别是其领导成员存在着严重的组织不纯和思想不纯，必须进行整顿。
根据垫江县党史研究室编的《桂溪春潮》一书中显示：整顿前的农会组织，可分以下几种情况：
一是领导成员政治上纯洁，立场坚定，敢于斗争，群众发动充分，农协会员发展普及，完成任务好。
二是领导成员出身好，但工作能力差，有的作风官僚，群众发动不充分。
三是农协主任或大部分委员是中农，在群众中也有较高威信，但缺乏斗争性，少数甚至被地主拉拢或操纵。
四是形式上村长、主任都是贫雇农担任，但办实事、出主意都被一些成分不好的“总务”或农会“秘书”之类所控制。
五是领导成分不好，但善于做表面文章，交给的行政任务(如征粮等)能及时完成。虽然内部问题很多，却控制严密，群众不敢说话。
六是领导成员出身及品质不好，作风也差，群众普遍反对。
后面几种情况问题较为严重，是整顿的重点。如大石乡飞龙村农会副主任是由一个有近100亩田的富农担任，曹回乡有个村长是地主的狗腿子，一直包庇一户大地主，董砚乡一个农会主任当过10多年旧甲长，自称在村里能“一手遮着半边天”，周嘉乡朝阳村11个农会委员中有6个坚持给地主送“节礼”，等等。这类组织不纯、思想不纯的农会如不整顿，就会严重妨碍土地改革的顺利开展。
对于整顿农会工作，垫江县委的基本指导思想是：以教育提高为主，清洗、撤换为辅，依靠群众，公开民主，依靠原组织，建设新农会。整顿农会组织的目的，是“纯洁与扩大农会组织，消灭封建地主阶级，完成土地改革。”
以教育提高为主，就是要相信绝大多数农会干部本质上是好的。对他们的缺点和错误，应通过广泛深入的阶级教育和政策教育，促使其得到提高和改正。
