从李济向盟军提交调查报告整整两年之后，盟军才给出了回复。
日本外务省民间财产局，是二战后归还被侵略国物资的执行部门。在这份发给盟军总部民间财产管理组的报告上，日本外务省民间财产局表示，头盖骨化石并没有在日本被发现。他们同时还表示，1941年12月在秦皇岛及其周围驻扎的日本部队的相关资料已经丢失，该部队人员姓名和现在的地址不详。这样一来，中国方面通过调查驻扎部队来寻找北京人头盖骨的线索，就此中断了。
盟军总部随即向中国使团发出了公函，告知了这一情况。还作出了“一旦得到有关北京人化石的新情况，立即转告”的承诺。
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从1946年4月30日，中国驻日代表团向盟军提交寻找申请算起，到1948年9月18日，盟军总部返回官方权威的调查备忘录，经历了整整两年半的时间，但一无所获。在备忘录中，美军做出的追查北京人化石的承诺，也再也没有下文。
如果北京人头盖骨没有进入日本本土，莫非，它丢在了中国?
装载有北京人头盖骨化石的军用提箱，上面写着美军军医的名字。
威廉?弗利，二战时期美国的军医，头盖骨出境的押运人，他是整个事件链条中最关键的人物。但他在哪儿?1941年12月8日之后，这个美国人就音信皆无。30年后的1971年，一个叫威廉?弗利的人在《纽约时报》上发表了一篇文章。
文章是这样写的：“12月8日，我在秦皇岛被日军逮捕，一周后被释放回天津租界，之后，我收到了从秦皇岛战俘营寄回的行李，以及应该装着北京人头盖骨化石的军用提箱。我打开自己的行李，发现被人动过。这让我感到毛骨悚然。第二天，我就把其中的两只箱子送到天津的百利洋行和巴斯德研究所，而另两只则交给我平时最信任的两位中国人。”
据弗利回忆，后来他很快就又被日军逮捕，所幸箱子已经都转移出去了。弗利的回忆中有两条线索，头盖骨可能有两个去向，一个是在天津百利洋行和巴斯德研究所，另一个是在两位中国人手里。
根据弗利提供的这些线索，天津市公安局等有关部门在第一时间成立了专案组。专案组询问了百利洋行天津分行和巴斯德研究所的所有老职员，得到的回答却惊人的一致：“提箱?什么提箱?我们从来没有见过美国军医。”
而至于弗利所提到的那两位朋友，专案组也找到了——两人本是夫妻，之后劳燕分飞。女的去了上海，男的去了四川，几十年天各一方，断了来往，但两人的叙述倒是相当吻合：当年，弗利是托付给了他们两个箱子，其中一箱是医疗器械，另一箱是私人衣物和一些古董瓷器，外加500美元。绝没有任何和化石，乃至骨头相似的东西。在当时不可能互相通气的情况下，两个人叙说一致，可靠性应该不容怀疑，结论是：箱子里装的根本不是“北京人”头盖骨。
虽然从弗利的回忆中，并没有找到任何有价值的线索，但得出的一个推论却令人兴奋。北京人头盖骨化石，会不会根本就没去秦皇岛。
这样的推论绝非空穴来风。因为在民间早就有过传闻：美国公使馆跟日本人玩了一出“调包计”，表面上，所有的化石被送上专列押往秦皇岛，但暗地里，北京人头盖骨却被秘密送往天津，准备从天津出海。
1980年秋季，美国人类学家夏皮罗博士踏上了中国大地，在北京稍作停留，就直奔天津，因为他从美国海军陆战队的档案库中查到：北京人头盖骨，当年的确曾经在天津的美军兵营中停放过。
在天津博物馆负责人陪同下，夏皮罗来到军营旧址，夏博士拿出随身携带的照片仔细辨认，验证了所到的这个地方，就是当年的美国海军陆战队军营。
然而，40年过去，天津已经发生了巨大的变化，当年的军营已经成为了医科大学的卫生学校。夏皮罗认为当年有可能存放“北京人”头盖骨化石的六号楼，在1976年唐山大地震时坍塌，之后被夷为平地改成操场。据陆战队员回忆说，六号楼的地下室是“木板地面”，但是学校负责人介绍，在清理大楼废墟时连地基都挖开了，根本没有木板结构。
